(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

03 October 2023 21:20

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on bioinformatics and data science:
👨‍🔬 Alexander Chervov "Introduction to Kaggle competition - Single-Cell Perturbations."
⌚️ Thursday 5 October, 19.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

We will give brief introduction mainly from machine learning perspective. Task contains about 614 samples in train and 255 in test, with only two features, which both are categorical (cell type, and drug). Metric is MMSE (row wise). Cross-validation - by cell types with modifications. Baselines with encoding categorical features - one-hot, target encoding with optimization of smoothing parameter, pytorch embedding neural network. Alternative features: "ChemBert" ( link - by Aleksey Trepetsky), molecular descriptors ( link by Antonina Dolgorukova), etc. Most of approaches use dimensional reduction (pca-like) of targets (18211) to smaller dimension 25-100, then predicting these reduced target and then making inverse transform. Notebooks: EDA , modeling , pytorch embeddings , single cell RNA-seq data brief look.
Unusual: 50 000$$ - for biologically insightful solutions which will shed light on "How did you integrate the ATAC data? Did you learn a gene regulatory network?" etc.

Announcement on Kaggle

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

📖 Presentation: A.Chervov:
📖 Presentation: A.Dolgorukova "Molecular descriptors"
📹 Video: https://youtu.be/dRG3qTaALp0?si=c6k6CARJuik-xF08

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

01 October 2023 11:00

🚀 @SBERLOGACOMPETE вебинар по дата сайнс:
👨‍🔬 Лидия Шишина "Обзор Каггл соревнования TRAUMA Abdominal Detection Competitions."
⌚️ Понедельник 2 Октября, 19.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

📖 Presentation: https://docs.google.com/presentation/d/1hOX0MD7Q09n6FjnC4kfa8Jpf31r0sn7_tewPdM9LmCk/edit?usp=sharing
✔️ Ноутбук: https://www.kaggle.com/code/lidiashishina/rsna23-weighted-mean-baseline-scale-adj-at-end

В докладе будет рассказано о соревновании - постановка задачи, метрика, и будет дан обзор интересных сеток и решений. В том числе несколько бейзлайнов на CNN и несколько других подходов.

Ссылка на соревнование: https://www.kaggle.com/competitions/rsna-2023-abdominal-trauma-detection , анонс на Каггл: https://www.kaggle.com/competitions/rsna-2023-abdominal-trauma-detection/discussion/444286

Ссылка на зум будет доступна в канале @sberlogabig перед началом доклада. Видео записи: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - подписывайтесь на ютуб канал.

📹 Video: https://youtu.be/90zbKUUCoI8?si=h8BOUE7cHCzimTLM

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

21 September 2023 08:05

Заходите 21 сентября в 13:00 по Мск на вебинар Владимира Кушнарева на канале @cancerchameleon

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

12 September 2023 12:22

🚀 @SBERLOGABIO вебинар по биологии:
👨‍🔬 Елена Белова "Глубокая стимуляция мозга при болезни Паркинсона – от истории поиска методов терапии к теориям двигательного контроля."
⌚️ Пятница 15 Сентября, 19.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

Глубокая стимуляция мозга (англ. Deep Brain Stimulation, DBS) появилась 30 лет назад как чисто эмпирический подход для нейрохирургического облегчения симптомов паркинсонизма и других двигательных расстройств. За три десятилетия нейрофизиологи многое узнали о работе подкорковых структур головного мозга, участвующих в моторном контроле, предложили усовершенствования для этой технологии и опробуют возможности DBS для облегчения других неврологических расстройств. На лекции поговорим о современных представлениях о патофизиологии болезни Паркинсона и особенностях нейрохирургического лечения различных форм этого заболевания.

Ссылка на зум будет доступна в канале @sberlogabig перед началом доклада. Видео записи: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - подписывайтесь на ютуб канал.

О докладчике: Елена - сотрудник ИХФ РАН, автор замечательннго телеграм канала - @hippopocampus - "удивительное про мозг, поведение и нейронауки" - подписывайтесь !

📖 Presentation: /channel/sberlogabio/61301
📹 Video: https://youtu.be/h1fSCaJu710?si=vnnFb8pGCW2q1hHH
📹 Video 2: https://youtu.be/hV4BWrYCWSk (короткое дополнение: по структурам СТЯ и внешнего бледного шара)

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

09 September 2023 08:39

Привет, Чемпион!

🏆 Хочешь быстрее покорить Kaggle и научиться выигрывать соревнования по анализу данных? Тогда приглядись к курсу "Введение в соревновательный Data Science"!

🎯 Что ты получишь?
- Первый русскоязычный курс по соревновательному Data Science с максимальным количеством практики.
- Насыщенная программа, содержащая эффективные методы для выбивания максимального качества из твоих ML-моделей.
- Более 200 практических заданий, интервью с Kaggle Grand Masters.
- Большое русскоязычное коммьюнити студентов курса для совместного прохождения и участия в соревнованиях.

🤘 На данный момент у курса:
👍 Уже 500+ участников.
👍 50+ отзывов, оценка 5 из 5.
👍 Выдано 70 сертификатов, отправлено 60 комплектов мерча.
😵 Медали на Kaggle у 5-ти студентов

🚀 На канале курса проводим еженедельные открытые вебинары, где разбираем решения победителей чемпионатов и делаем обзоры текущих соревнований.

🤕 Кстати, доступ к курсу можно получить оплатой через работодателя. Подробности тут.

📀 Промокод на скидку SBERLOGA

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

24 August 2023 18:29

🚀 Голосуйте !)
📖 Сейчас на Каггл открыты (и будут продолжаться около 2 месяцев) - четыре "денежных" (не плейгруанд) соревнования
Если у вас есть интерес принять в них участие, то обычно это лучше делать в команде. В командах обычно идет интенсивный обмен опытом, нетворкинг, опыт командной работы и прочий фан. Чтобы было проще найти сокомандников - мы сделали голосовалки - голосуйте, пишите коллегам, кто в тоже проголосовал - объединяйтесь в команды - главное - не стесняйтесь:

Kaggle соревнование по картинкам :
RSNA 2023 Abdominal Trauma Detection
Голосуем тут: /channel/sberlogacompete/6638

Kaggle соревнование распознавание речи:
Bengali.AI Speech Recognition
Голосуем тут: /channel/sberlogacompete/6639

Kaggle соревнование NLP:
Kaggle - LLM Science Exam
Голосуем тут: /channel/sberlogacompete/6641

Kaggle соревнование NLP:
CommonLit - Evaluate Student Summaries
Голосуем тут: /channel/sberlogacompete/6640
Вводный доклад по этому соревнованию тут:
👨‍🔬 Ivan Glebov "Kaggle competition: CommonLit - Evaluate Student Summaries"
/channel/sberlogabig/299

Хакатон - цифровой прорыв 2023. Сезон искусственного интеллекта.
Голосуем тут: /channel/sberlogacompete/7160

Kaggle соревнование
TpuGraphs Kaggle competition, EvolutionaryScale.
Голосуем тут: /channel/sberlogacompete/7145

Kaggle соревнование
Child Mind Institute - Detect Sleep States
Detect sleep onset and wake from wrist-worn accelerometer data
/channel/sberlogacompete/7316

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

16 August 2023 16:37

🚀 @SBERLOGABIO webinar data science, bioinformatics:
👨‍🔬 John Mitchell "Kaggle Competition Review: Novozymes Enzyme Stability Prediction"
⌚️ Friday 18 August, 19.00 (Moscow time)

Link to Announcement on Kaggle.

Add to Google Calendar

Kaggle's Novozymes Enzyme Stability Prediction was a challenging competition that rewarded expertise in bioinformatics as much as in Machine Learning. Two issues that made the competition particularly difficult were that the training data was rather different from the test data, and that there was no obvious or easy local validation protocol available. A wide variety of features and models proved valuable, while ensembling was generally considered essential. The nature of the competition lent itself to overfitting, and it was unsurprising that there was a large shake-up between Public LB and Private LB ranks. I discuss the experience gained from this competition and consider how the lessons learned might be applicable to other bioinformatic competitions.

About the reporter:
John Mitchell is expert both in bioinformatics and machine learning, and also experienced Kaggler and one of the top participants of CAFA5 , will share his experience on the past Kaggle competition "Novoenzymes" which in certain respects similar to CAFA5 challenge.

Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.

📹 Video record: https://youtu.be/M8tqVF4Gyi0
📖 Presentation: /channel/sberlogabio/59283

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

04 August 2023 15:09

🔥 8 августа в 19:30 мск пройдёт вебинар на тему «7 вещей, которые никогда не стоит делать на алгоритмическом собеседовании!»

Что разберем на вебинаре?
— Как крутая статья может помочь получить оффер на работу в Яндекс;
— Как вырасти от стажера до тимлида;
— C чего начать и как продуктивнее изучать алгоритмы и структуры данных;
— Каких ошибок нельзя совершать на алгоритмических секциях.


Кто проводит вебинар?
Тим-лид биллинговых микросервисов Яндекса. Выпускник МФТИ. Преподаватель МФТИ по алгоритмам и структурам данных Павел Косицын. Павел прошел путь от стажера до тимлида в Яндексе. Выступал на конференции для стажеров Яндекса.

💻Организаторы вебинара - сообщество алгоритмистов @eda_academy

Кого ждем?
Приглашаются действующие и начинающие разработчики С++/Python/Java/Go. Дс, аналитики тоже приходите.

✔️Регистрируйтесь сейчас, а перед вебинаром придёт напоминание: https://clck.ru/35Cmdj

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

29 July 2023 11:28

Попрактикуемся в нейронках и пайторче ? Разыграем призы ?

Есть предложение поразбираться с пайторчем, начиная с азов. Тем кто не разбирался может быть полезно, а те кто разбирался и может поделиться опытом - тоже велкам. Можно взять текущее соревнование Каггл CAFA5 - как рабочий пример - но без "приват шаринга". Кому интересно - добавляйтесь в групп: /channel/+6Z2OPBOtjpNkNGIy

Чтобы было веселей устроим мини-конкурсы - например - сегодня (29 июля) такой - вот, есть простой ноутбук https://www.kaggle.com/code/alexandervc/pytorch-01-basics/notebook?scriptVersionId=138216862 . Задачка - поднять скор на лб только меняя параметры и архитектуру сетки на пайторче, то есть на тех же самых фичах и без блендов. Ну и чтоб локальный скор тоже подрос, а не только лб скор.

Кто сегодня поднимет скор ноутбука выше 0.46 - получает приз 1000р, если будет несколько вариантов - получает тот у кого выше скор на лб, (и ноутбук должен быть пабликом работающим на Каггл).

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

24 July 2023 21:14

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bioinformatics:
👨‍🔬 Henrik Nielsen,Vineet Thumuluri , José Juan Almagro Armenteros "DeepLoc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models"
⌚️ Thursday 27 July, 20.00 (Moscow time)

The talk will be in English. (It might be useful for CAFA5 Kaggle competition participants. Announcement on Kaggle.)

Add to Google Calendar

The talk will be based on the recent paper with the same title (Nucleic Acids Res. 2022 ).
The prediction of protein subcellular localization is of great relevance for proteomics research. Here, we propose an update to the popular tool DeepLoc with multi-localization prediction and improvements in both performance and interpretability. For training and validation, we curate eukaryotic and human multi-location protein datasets with stringent homology partitioning and enriched with sorting signal information compiled from the literature. We achieve state-of-the-art performance in DeepLoc 2.0 by using a pre-trained protein language model. It has the further advantage that it uses sequence input rather than relying on slower protein profiles. We provide two means of better interpretability: an attention output along the sequence and highly accurate prediction of nine different types of protein sorting signals. We find that the attention output correlates well with the position of sorting signals. The webserver is available at services.healthtech.dtu.dk/service.php?DeepLoc-2.0.

📹 Video: https://youtu.be/4W12qYMuMhk
📖 Presentation: /channel/sberlogabio/58447

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

19 July 2023 15:53

В Иннополисе пройдёт гонка дронов с призовым фондом в 1 миллион рублей

Соревнование пилотов квадрокоптеров SkyRace состоится 18—19 августа в рамках международной конференции по искусственному интеллекту для бизнеса AI IN 2023. Регистрация для участия в личном или командном зачётах открыта до 10 августа. Организатор гонки — Университет Иннополис.

В гонке дронов SkyRace в Иннополисе можно участвовать в двух турнирах:
— личном зачёте NON PRO для любителей — соревновании по системе Double Elimination с выбыванием после двух поражений подряд. Отбор участников пройдёт по правилам MultiGP. Топ-16 пилотов попадут в основной этап гонки.
— командном зачёте PRO для профессиональных спортсменов — гонке дистанцией в 100 кругов. В команде из двух человек один участник управляет дроном, второй — выполняет роль механика в пит-стоп зоне. Через 50 кругов они меняются местами.

Победитель любительского индивидуального зачёта получит 200 тысяч рублей, команда-победитель профессионального тура — 200 тысяч рублей. Оставшуюся часть призового фонда разделят между собой участники и команды, занявшие по итогам гонки 2—8 места.

Участие в соревнованиях бесплатное. Регистрация открыта до 10 августа: aiconf.innopolis.ru/drone-race-ru

Посмотреть соревнование может любой желающий. Для зрителей организованы мастер-класс по пилотированию в симуляторе дрон-рейсинга. Также на площадке SkyRace можно поиграть с дронами в баскетбол и крестики-нолики.
Оператор гонки дронов — Drone Sports Global.

Регистрация на конференцию: https://aiconf.innopolis.ru/
Промокод на скидку 50%: Sberloga500

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

15 July 2023 20:39

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bioinformatics:
👨‍🔬 Д.б.н. Проф. Алексей Лагунин "Sequence-structure based bioinformatics."
⌚️ Monday 17 July, 18.00 (Moscow time)

The talk will be in English. (It might be useful for CAFA5 Kaggle competition participants. Announcement on Kaggle.)

Add to Google Calendar

Sequence-structure based bioinformatics approach is a new direction of bioinformatics which is based on representation of sequences as their structural formula and analysis of structure-property relationships using molecular descriptors and machine learning algorithms. Some cases using of this approach will be discussed during webinar.

О докладчике: А. Лагунин - более 7к цитирований https://scholar.google.ru/citations?user=qaSuEUkAAAAJ&hl=ru , руководитель программы медицинской биоинформатики - магистратура: /channel/sberlogabio/57684

Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.
Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga

📖 Presentation: /channel/sberlogabio/57915
📹 Video: https://youtu.be/eGk2Y3zUe3Q

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

12 July 2023 13:24

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bioinformatics and data science:
👨‍🔬 Trifonova Sofya "HMMER application to CAFA5."
⌚️ Friday 14 July, 18.00 (Moscow time)

Talk will be in English. (See also announcement on Kaggle).

Add to Google Calendar

HMMER ( http://hmmer.org/ ) is a sensitive method for finding protein domains . Domains in proteins define it functional features, that is why using this method could help in better predictive ability of ML models in CAFA5 Kaggle competition. For example, one may try to create 0-1 features enumerated by proteins domains: protein have particular domain (1) or not (0). And try to add them as predicators to the task.
Sofya created and shared several notebooks (please upvote).


Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.
Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga

📖 Presentation: /channel/sberlogabio/57832
📹 Video: https://youtu.be/ccyILqjlXZY

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

08 July 2023 11:17

Рекомендуем Вам каналы наших коллег, связанные с биологией и наукой вообще - подписывайтесь - на них вы найдете много интересного !

@liza_loves_biology Всякая интересная всячина из мира биологии - Лиза рассказывает о наиболее ярких новых статьях по биологии и многом другом.

@molbiolrf Статьи, лекции, учебники, пособия, протоколы, софт, вакансии зарубежом, инф-ция о различных мероприятиях (конференции, воркшопы, школы). Екатерина собирает материалы, которые будут полезны всем, кто строит карьеру в биологии и не только.

@smart_lab_news , @Nano_by_Nano 🧬 Новости нанобиотеха: различные научные события, конкурсы, конференции, гранты, вакансии и др. Елена отслеживает большинство событий связанных с биотехом.

@long_hands О биотехах и инвестициях в фарму. Антонина рассказывает о фарме и инвестициях.

@molporn наш докладчик Марина рассказывает о структурной биоинформатике, научной иллюстрации и разработке лекарств

/channel/+tqDAn2TMFHU0ZWMy - Научная Коммуна - "биологи со всех краев объединяйтесь" - чат/сообщество взаимопомощи ученых связанных с биологией

@ivoryzoo - легендарный научный "Зоопарк". Наверно, все и так знают и подписаны на него, а если же нет - обязательно подпишитесь. Ярко и искрометно обо всем, что связано с наукой.

Если у вас есть научно-технический канал, блог, проект, другая активность - не стесняйтесь напишите нам о нем - @Alexander_v_c, @zabis13.

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

30 June 2023 20:49

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on bioinformatics/data science:
👨‍🔬 Liza Geraseva "A short review of methods used in CAFA challenges"
⌚️ Monday 3 July, 19.00 (Moscow time)

The talk will be in English. (Announcement in English on Kaggle).

Add to Google Calendar

The Critical Assessment of protein Function Annotation algorithms (CAFA) is an experiment designed to provide a large-scale assessment of computational methods dedicated to predicting protein function, using a time challenge. CAFA1-3 challenges have released a large number of approaches that can be be improved and used in CAFA5. I am going to review some of these approaches, concentrating on those developed by Hoehndorf lab as most successful.

На Каггл продолжается важный научный конкурс по предсказанию функций белков CAFA5 (см. также: Wikipedia CAFA). Соревнование проходит в пятый раз и организуется каждые три года. Цель - дать критическую оценку методам компьютерного предсказания функций белков. Есть еще два месяца, чтобы успеть принять в нем участие. Если Вы знаете Питон/R и/или молекулярную биологию, хотите "спасти мир", получить фан от нетворкинга, поупражняться в Дата Сайнс и/или Биоинформатике , то есть отличная возможность - чтобы присоединиться для начала - отметьтесь в голосовалке - /channel/sberlogacompete/5343

📹 Video record of the webinar: https://youtu.be/hpYfLLqyo9Y
📖 Presentation: /channel/sberlogacompete/5572

В обсуждениях приняли участие Robert Hoehndorf (top1 on LB, автор DeepGO), Predrag Radivojac - один из соорганизаторов конкурса - было высказано много интересных идей - рекомендуем посмотреть всем кто заинтересован в этой теме. Короткий обзор см. в посте на Каггл.

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

01 October 2023 14:57

⚠️ Острожно - спуфинг атаки от имени админов Сберлоги и других чатов/каналов (не только Сберлоги) - будьте внимательны !

Некоторые коллеги получили просьбы перевести 120к на карту , некоторые предварительно получив оборвавшийся звонок по телеграм. Якобы от имени админов. Будьте внимальны - админы Сберлоги (и, думаю, других каналов) не пишут в личку с такими просьбами ! Не переводите денег ! Мошенники часто создают похожий по имени экаунт (спуфинг) и пишут от его имени - будьте внимательны !

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

23 September 2023 20:02

Друзья!
Давайте Бустить!
/channel/sberlogabig?boost

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

21 September 2023 08:04

В ближайшие два месяца мы будем делиться с вами публикациями и выступлениями с ряда ключевых конференций 2023 года: WCLC, ASCO, ESMO, AACR, SITC и SABCS, в которых принимали участие наши эксперты.

Сегодня начнем с WCLC. С 9 по 12 сентября в Сингапуре прошла Всемирная конференция по опухолям легкого (2023 World Conference on Lung Cancer). На ней были доложены результаты молекулярно-генетического анализа большой когорты карцином легкого на терапии ингибиторами контрольных иммунных точек: "NSCLC Microenvironment Subtypes Correlate with Response and Survival to Immune Checkpoint Inhibitor Therapy".

Соавторы работы — основатель нашего сообщества Владимир Кушнарев и эксперты курса по нейроэндокринным неоплазиям — Иван Валиев и Анастасия Макарова.

Завтра 21 сентября в 13:00 по Мск Владимир Кушнарев поделится опытом исследования на семинаре. Встречу проведем в этом телеграм канале.

Ждём всех желающих 🙂

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

10 September 2023 08:57

🚀 SciBerloga @deep_learners club: учебный семинар по дата-сайнс
👨‍🔬  Иван Павленко "Введение в автоэнкодеры"
⌚️ Понедельник 11 Сентября, 19.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

План:
* Автокодировщики - что это такое.
* Область применения.
* Разбор реализации.
* Обзор набора данных UTKFace.
* Разбор класса модели и обучение.
* Обзор эпох обучения.
* Эксперимент с незнакомыми данными.
* Не самый удачный, но поучительный вариант с использованием свёрточных слоев.
* Небольшой эксперимент с восстановлением качества размытого  изображения.
* Пара слов про вариационные автокодировщики.

Ноутбуки:
Основной ноутбук:
https://www.kaggle.com/code/mrgobus/autoencoder-utkface-from-old-to-young

Попытка использовать свёрточные слои:
https://www.kaggle.com/code/mrgobus/autoencoder-conv2d-utkface-from-man-to-woman
Не самая удачная, но поучительная =)
И на сладкое, вот эти два:
https://www.kaggle.com/code/mrgobus/ae-mnist-digits-distribution
https://www.kaggle.com/code/mrgobus/vae-mnist-digits-distribution
Это попытка посмотреть на распределение обычно и вариационного кодировщиков.

Зум линк будет доступен в группе: @deep_learners перед началом доклада.

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

05 September 2023 16:14

🚀 @SBERLOGACOMPETE образовательный вебинар по data science:
👨‍🔬 Alexander Chervov "Hands on Hugging Face Transformers and Kaggle CommonLit challenge"
⌚️ Четверг 7 Сентября, 20.00 (Moscow time)

Link to Announcement on Kaggle. (Talk planned to be in English).

Add to Google Calendar

Образовательный вебинар для начинающих: примеры использования моделей типа DeBERTa из коллекции Hugging Face трансформеров для решения задач NLP. На примере Kaggle соревнования "CommonLit - Evaluate Student Summaries". Рассмотрим ноутбуки как файн-тюнить трансформеры под конкретные задачи. Это не так сложно, но все же несколько сложнее чем ".fit/.predict" (в sklearn), но не сильно - нужно примерно следующее 1) перевести данные в формат HF-датасета 2) токенизировть текст 3) добавить таргеты 4) подготовить параметры трейнинга 5) только потом запустить трейнинг. Мы рассмотрим как это происходит в деталях. Во второй половине обсудим соревнование "CommonLit" дадим обзор подходов и паблик ноутбуков, некоторых загадок подготовки данных организаторами, внешние данные и т.д.

Ноутбуки с моделями nb1, nb2, с обзором пабликов nb .

Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.

Предыдущий вебинар по данному соревнованию:
📹 Video: https://youtu.be/OL3ZW2AY6yg
👨‍🔬 Ivan Glebov "Kaggle competition: CommonLit - Evaluate Student Summaries"

Данный доклад:
📖 Presentation: https://docs.google.com/presentation/d/101mmtjEvIwKKP2klTwJZ_yIGydXyorQkKn19SrMoZnE/edit?usp=sharing
📹 Video: https://youtu.be/L6OQmXk1Am4

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

22 August 2023 19:51

🚀 @SBERLOGABIG webinar data science:
👨‍🔬 Никита Бухал "Разбор формулы attention и реализации в pytorch-е"
⌚️ Среда 23 Августа, 20.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

Будет рассказано о механизме внимания и его основных свойствах. Приведены примеры реализации на pytorch, пример на Каггл , в колабе.

📖 Презентация доступна тут.


📹 Video: https://youtu.be/OL3ZW2AY6yg
📹 Video Part2 : https://youtu.be/HmotCYcllOs?si=bZfkjCy3sDBH_HOk

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

07 August 2023 21:59

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on Kaggle competition:
👨‍🔬 Ivan Glebov "Kaggle competition: CommonLit - Evaluate Student Summaries"
⌚️ Thursday 10 August, 18.00 (Moscow time)

Link to Announcement on Kaggle.

Add to Google Calendar

Обзор текущего соревнования на Каггл "CommonLit - Evaluate Student Summaries" - новое НЛП соревнование от организаторов фидбэка, необходимо оценить уровень студентов в написании саммари (изложения). Есть несколько текстовых колонок, но к ним есть вопросы. Трейн выборка сильно меньше тестовой, паблик всего 13 процентов. Снова "стэк бертов"? Или что-то еще... Будет интересно ! Соревнование продлится еще 2 месяца. Общий призовой фонд 60 000$$.


Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.

📹 Video: https://youtu.be/dcOvr_51u-w

📖 Notebook1: (with transformers - public top4) https://www.kaggle.com/code/bulivington/transformers-predictions-base

📖 Notebook2: (no transformers ) https://www.kaggle.com/code/bulivington/no-transformers-but-not-so-bad

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

30 July 2023 13:31

🚀 "Везение и труд - все перетрут" ))) Поздравляем Лиду с успешным поднятием скора с 0.45+ до 0.47+ и получением приза. Линк на Ноутбук Лиды - апвоуты приветствуются !

Как оказалось, чтоб поднять можно было почти ничего не делать - просто запустить ноутбук и сделать сабмит. И ноутбук со скором 0.45+ превращается в скор 0.47+ , если вам немного везет. Как такое может быть ? Полезно подумать. Кто не придумает мы подскажем. Дополнительная замена активации с RELU на GELU во внутренних слоях - подняла скор еще, сигмойду в последнем слое - не меняем.

Новый пазл на 30 июля - приз такой же 1000р.
Цель - скор - 0.49+ на лидерборде.

Кто поднимает скор сегодня 30 июля выше 0.49 , тот получает 1000р

Доп. условия: Ноутбук должен быть пабликом, можно менять сетку, менять эмбеды, блендить свои сетки внутри ноутбука. Копировать чужие паблики нельзя, блендить с пабликами тоже, использовать бустинги и другие модели - нельзя - только пайторч сетки. Также оставить часть с вычислением локальных скоров из предыдущего ноутбука - локальный скор тоже должен подрасти - не только лб скор. Если несколько человек - приз получает тот у кого больше лб скор на конец 30 июля. Присоединяйтесь к обсуждениям пайторча в группе: /channel/+6Z2OPBOtjpNkNGIy

Update: Пазл продлен на 31 июля, с чуток повышенной целью 0.491
Update: Пазл продлен на 1 августа, с чуток повышенной целью 0.492
Ударный день - 1 августа:
Борис улучшил скор до 0.49545
Иван 0.49651
Лидия 0.51098
Андрей Шевцов 0.52875 - лучший паблик CAFA5, который получает скор моделью, без внешних данных
( https://www.kaggle.com/code/andreylalaley/pytorch-cafa-5-prediction?scriptVersionId=138595845
Ваши апвоуты - приветствуются ! )

Update: Следующая цель - 0.53 по лб, с аналогичными условиями

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

28 July 2023 16:46

Запустите свой проект в сфере биомедицины с поддержкой Сеченовского Университета! ✨

🔹 Приглашаем вас воспользоваться прекрасной возможностью поступить на новую программу магистратуры "Предприниматель в биомедицине" и стать частью передового мира предпринимательства и биомедицинских технологий. 🧠🌟

Кому подойдёт эта программа:

👩‍🔬 Студенты с биомедицинским образованием
💼 Студенты с менеджмент- и бизнес-образованием
💡 Предприниматели и инноваторы в биомедицине

Почему стоит выбрать нашу программу:

🔝 После поступления на программу "Предприниматель в биомедицине" в Сеченовском Университете, студенты открывают для себя множество возможностей и перспектив в сфере предпринимательства и биомедицины.

🎯 Стартап как диплом: Наши студенты получают уникальную возможность создать собственный стартап уже во время обучения. Они пройдут акселераторы и мастерскую стартапов, получат практические навыки и опыт, необходимые для успешного запуска и развития своего бизнеса в биомедицине.

💼 Привлечение инвесторов и развитие бизнеса: Наши магистранты научатся привлекать инвесторов, разрабатывать стратегии масштабирования и принимать важные управленческие решения.

🌐 Доступ к экосистеме Сеченовского Университета: Наши студенты получат не только специализированное образование, но и доступ к полной экосистеме Сеченовского Университета.

👨‍💼 Бизнес-наставничество и научное консультирование: На протяжении всего обучения, студенты получат индивидуальное бизнес-наставничество от опытных специалистов и научное консультирование от ведущих ученых в области биомедицины. Это позволяет им получать ценные советы по ведению бизнеса, а также быть в курсе последних научных разработок и инноваций.

❗Сеченовский Университет выделяет 5 бюджетных мест, а также предоставляет персональные скидки на обучение до 90% – идеальный шанс для тех, кто получает второе высшее образование.

🎯 Программа разработана в рамках программы "Код образовательных программ" Центра трансформации образования Школы управления СКОЛКОВО. Мы сотрудничаем с ключевыми партнерами, такими как Сбер, группа компаний "Р-Фарм", STADA, Группа компаний "МЕДСИ" и другими.

📅 Ознакомьтесь с подробностями программы и подайте документы до 30.07.2023, чтобы воплотить свою мечту и запустить свой бизнес в области биомедицины!

🎉 Для подписчиков Сберлоги мы можем провести индивидуальные онлайн-консультации по получению образовательного гранта.
Контакты: @JennyIva @lewinamm

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

22 July 2023 12:08

Передовая магистратура от ПИШ ИТМО, АГНИ и «Татнефти»

Новые образовательные программы в области естественных наук, IT и сквозных цифровых технологий от ПИШ ИТМО х АГНИ х Татнефть — это прямой путь к крутым кейсам, инновациям и высокому доходу.

На каждом направлении вас ждут:

— Обучение в передовом научно-образовательном центре АГНИ
— Практика в Университете ИТМО в Санкт-Петербурге с оплачиваемыми перелетами
— Бесплатное обучение и стипендии от 20 000 до 40 000 рублей
— Возможность трудоустройства в ПАО «Татнефть»

Для абитуриентов доступны следующие программы обучения:

— «Искусственный интеллект в биотехнологических системах»
— «Индустриальная биотехнология»
— «Разработчик программного обеспечения»

Чтобы работать в инновационных лабораториях под руководством ученых мирового уровня и создавать значимые для индустрии проекты, вам нужно — пройти конкурс портфолио до 25 июля или сдать дистанционный экзамен.

Оставить заявку на обучение можно до 1 августа по ссылкам в названии программ или в гугл-форме 👈🏻

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

18 July 2023 10:41

@sberlogajobs2 - работа и Сберлога ))) Медведи за работой )))

Коллеги, позвольте Вам представить канал @sberlogajobs2 - где Вы найдете вакансии в академии и индустрии по всему миру !
Подписывайтесь - возможно - что-то Вам приглянется.

Один из наиболее новых постов: аспирантская вакансия - в лаборатории нейровизуализационных исследований института мозга ИМЧ им. Бехтеревой РАН - от Ирины Князевой - замечательного ученого и одной из первых участников вебинаров "Сберлоги" - если Вам или Вашим знакомым подходит профиль - очень рекомендуем: /channel/sberlogajobs2/180

Если Вы хотите разместить вакансию - напишите - @zabis13 @alexander_v_c

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

14 July 2023 18:19

Уважаемые коллеги, позвольте представить Вам каналы связанные с ИТ на которых Вы найдете много интересного - подписывайтесь -
🔥Беспощадный Power BI, топовые ИТшные митапы, прямые эфиры с практикой английского, наиполезнейшие LLM-модели и дата-мемные шутейки !

Также собрали для вас всё это в виде одной удобной папки (если ещё есть, куда добавлять её (если нет, то… просто удалите какую-нибудь другую 🤣)) – /channel/addlist/Z0owrO4LmYBkZTQy

@Design_PowerBi - UXUI в аналитических отчетах. Фишки, битки и прочие фантики для функциональной красоты.

@bi_done - дата-мемы и забавные истории чела из BI комьюнити. Страдания айтишников, которые продлевают жизнь.

@efmchannel - Английский разговорный клуб для IT-специалистов и релокации. Обучение боем и в прямом эфире.

@boilingmephi - Университеты VS Айтишечка - свежий взгляд на вечную борьбу. Не только НИЯУ МИФИ.

@chernovdev - Земля обетованная для любителей Qlik, БД, ETL, Python и околосвязанного.

@AI_meetups - Откройте магический портал к грандиозным митапам и ивентам, рассказывающим о тайнах AI, ML, DS и других чародейских науках!*

@data_career - Карьерный компас в дата-профессиях и в IT в целом... + meme-driven немношк)

@ChatGPTnow - Ступите на борт космического корабля, ведущего в удивительный мир ChatGPT всех известных и не очень LLM-моделей!*

@data_events - Персональный календарь всех самых интересных ивентов по Big Data, DE, BI, AI, ML, DS и многих других тем, которые.. хочется лизнуть)*

@itmeetupbatumi - IT-митапы, стартап-прожарки, AI-воркшопы в Батуми, вакансии для релокантов и резюме.

@enthusiastech – всё о dbt, аналитических СУБД, Extract-Load, reverse-ETL & DataOps и прочем опыте работы с Modern Data Stack.

@sberlogajobs2 - Вакансии, стажировки и аспирантуры в разных странах.

@sberlogabig- разносторонне о науке и технологиях. Data Science, Bioinformatics, Biology, Mathematics, Physics, IT, Computer Science.

Если у Вас есть канал, блог, проект или другая активность - не стесняйтесь напишите нам: @alexander_v_c @zabis13

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

09 July 2023 13:12

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on data science:
👨‍🔬 Dmitrii Rudenko "Review of the Kaggle competition Predict Student Performance from Game Play."
⌚️ Monday 10 July, 19.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

Join us for the review of the finished Kaggle Competition "Predict Student Performance from Game Play"! This unique competition explores the exciting realm where education and gaming converge, making learning a thrilling and engaging experience.

🎯 Objective: Develop model which can predict student perofmance by in-game actions. Actions/interactions with in-game objects converts directly student knowledge!

🔍 Challenge: 3 stages of game, 18 different questions and millions of in-game actions!

Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.
Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga

Подписывайтесь на телеграм канал Дмитрия: /channel/pseudolabeling на нем Вы найдете много интересного о Каггл соревнованиях и дата-сайнс !

📖 Presentation: /channel/sberlogacompete/5707
📹 Video: https://youtu.be/7sf-tGYJ7K4

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

04 July 2023 18:08

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bioinformatics:
👨‍🔬 Marina Pak (Skoltech) "ProDDG - база данных эффектов мутаций на стабильность белка (ΔΔG) и предсказателей ΔΔG."
⌚️ Friday 7 July, 20.00 (Moscow time)

The talk planned to be in English.
(Participants of CAFA5 Kaggle challenge might try to think how apply some ideas from the talk in the challenge, though it is not directly related).

Add to Google Calendar

Ищете данные об эффекте мутаций на белок для тренировки своей нейросеточки? Собираете независимый набор данных для сравнения предикторов эффекта мутации? Хотите предсказать эффект мутации на ваш любимый белок с помощью state-of-the-art тулов? Тогда сервис ProDDG для вас!
ProDDG предоставляет доступ к ΔΔG датасетам для обучения и проверки предикторов и списку популярных ΔΔG предикторов, а также сервису проверки совпадения датасетов по идентичности последовательностей белков.

В своем выступлении я представлю сервиc ProDDG, расскажу, какие проблемы он решает, продемонстрирую примеры использования, а также поделюсь опытом разработки подобных сервисов.

Zoom link will be available in /channel/sberlogabig shortly before start of the talk.
Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga

📖 Presentation: /channel/sberlogabio/57620
📹 Video: https://youtu.be/uCABm3ymFDg

Подписывайтесь на телеграм канал Марины:
/channel/molporn

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий

20 June 2023 07:21

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on bioinformatics/data science:
👨‍🔬 Andrey Shevtsov "Introduction to CAFA5 Protein function prediction Kaggle competition"
⌚️ Thursday 22 June, 20.00 (Moscow time)

The talk will be in English. (Announcement in English on Kaggle).

Add to Google Calendar

На Каггл продолжается соревнование по предсказанию функций белков CAFA5 (см. также: Wikipedia CAFA). Соревнование проходит в пятый раз и организуется каждые три года. Цель - дать критическую оценку методам компьютерного предсказания функций белков.   Есть еще два месяца, чтобы успеть принять в нем участие. В этом первом докладе будет дана вводная информацию по соревнованию. В дальнейшем планируется продолжение докладов.

Если Вы знаете Питон/R и/или молекулярную биологию, хотите "спасти мир", получить фан от нетворкинга, поупражняться в Дата Сайнс и/или Биоинформатике , то есть отличная возможность - чтобы присоединиться для начала - отметьтесь в голосовалке - /channel/sberlogacompete/5343

Белки - это свернутые в пространстве цепочки из аминокислот (букв). Они выполняют множество важных функций в клетках. Белок обретает свои функции уже в   свернутом состоянии (а некоторые еще и после модификаций). В этом соревновании нам предлагается по последовательности белка предсказать его свойства. Свойства представлены в виде направленных ациклических графов GO (gene ontology).

Zoom link will be available in /channel/sberlogabig  shortly before start of the talk.
Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga

📹 Video: https://youtu.be/h4zTjPzPud4
📖 Presentation: /channel/sberlogacompete/5437