Git and GitHub for R users

Если вы достаточно уверенно пишете код R для проведения анализа, но результаты исследований и код становятся все больше или вам необходимо работать в команде, отслеживать версии, то без Git вам не обойтись. Для тех, кто работает на R, обычно рекомендуют книгу Happy Git and GitHub for the useR, однако есть ли что-то вводное, но может быть не столь всеобъемлющее? Например,в качестве такого источника существует курс Reproducible and Trustworthy Workflows for Data Science или курс An R reproducibility toolkit for the practical researcher.

Nicola Rennie создала небольшую страничку Git and GitHub for R users с презентацией, примерами и упражнениями по Git, которая также может быть полезной. Есть и запись видео.

Читать полностью…

#job #technion #biology нейробиология на рыбках

Читать полностью…

🤑 Хотите увидеть зарплатные вилки в биотехе, которые скрывают компании? А научиться программировать и анализировать данные?

🤩 Комбо! Уже в этот вторник 29 апреля @blastim устраивает беспрецедентный воркшоп «От сырой таблицы до инсайтов: твоя первая обработка данных на R за один вечер». На бесплатной онлайн-встрече опытный статистик Иван Поздняков научит анализировать данные на примере реального датасета с зарплатами, выгруженными из карьерного портала blastim.ru

На вебинаре:

📌 Вы получите доступ к эксклюзивным данным о зп в российском биотехе, которых нет в открытом доступе
📌 Вы с нуля выучите синтаксис базового R и познакомитесь с tidyverse
📌 Вы проведете своими руками анализ зарплатных трендов под руководством Ивана, даже если никогдашеньки не кодили
📌 Вы построите свои первые графики с помощью ggplot2 и научитесь делать волшебные отчёты в Quarto
📌 Вы узнаете все скрытые тенденции рынка биотеха и полезные приемы от Ивана Позднякова

На выходе: знания о реальных зарплатах в сфере лайфсайенс и навыки программирования и анализа данных на R

❓Почему R, а не Python? R — популярнейший язык программирования, специально заточенный под анализ данных в науке. В нем широкие возможности для визуализации данных и непревзойденный инструментарий для проведения стат-тестов. Это те навыки, который полезно иметь при себе любому ученому

🗓 Когда? 29 апреля, 19:00 мск
🆓 Вход: бесплатный
🔗 Регистрация: /channel/BlastimR_bot?start=222577
🕖 Длительность: около 3 часов

Поспешите зарегистрироваться, пока все места не заняли эйчары 😏

Реклама. ООО «Бластим», erid:2VtzqwMiVR5

Читать полностью…

Академическое письмо: какие времена глаголов использовать по написании статьи на Английском.

Читать полностью…

Хорошая обзорная статья про EMSA: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2757439/

Читать полностью…

RNA isolation protocols

#мануал
#мокрая_биология

Читать полностью…

🧬 Есть два типа людей и... две крутые опции по питону

Язык программирования Python сейчас невероятно популярен в науке вообще и в биоинформатике в частности. Питон позволяет автоматизировать многие рутинные задачи, заниматься машинным обучением, анализом NGS, хемоинформатикой etc, а также знание пайтон постоянно встречается в требованиях к вакансиям (зайдите на blastim.ru).

Бластим предлагает биологам, медикам и всем интересующимся курсы по программированию с уклоном в биоинформатику и под разные уровни подготовки:

➤ Если вы еще новичок и никогда не кодили, хотите приобрести программистское мышление и сделать свои первые проекты для гитхаба, то для вас — курс «Python для анализа данных в науке».

Лектор курса, опытный биоинформатик и машинлернер Александр Ильин, максимально жует все темы, объясняет на понятных примерах из биологии и компьютерных игр. В ходе обучения вы освоите синтаксис и семантику языка, а также познакомитесь с самыми мастхэв библиотеками для датасайенс и биоинформатики (Numpy, Pandas, Sklearn, Biopython).

Подробности тут: clck.ru/3JQyTz Старт уже сегодня, 24 марта🔥

➤ Если же вы хотите расти, осваивать более advanced темы, решать сложные практические задачи, то вам идеально подходит курс «Машинное обучение на Python для решения биоинформатических задач».

Преподаватели программы: биоинформатики, машинлернеры, специалисты в области single cell Владимир Шитов и Александр Декан. На курсе знакомство с ООП, много практики с кодом и сразу все ключевые ML-алгоритмы от KNN до нейросетей. 

Ссылка: clck.ru/3JQy8t
Старт 8 июля

🤝 Независимо от того, какой курс вы выберете, на программах Бластим всегда: поддержка кураторов и технических ассистентов на занятиях и в чате, много домашек с обратной связью, диплом гособразца (а также сертификат на английском) и, конечно, нетворкинг и полезные знакомства с учеными международного уровня

💝 Для подписчиков канала на любой из курсов работает промокод: MOLBIOL

Приходите на программы и подписывайтесь на @blastim

Читать полностью…

Статья о CRISPR скрининге длинных некодирующих РНК (lncRNAs): https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01203-0

#статья

Читать полностью…

https://azrielifoundation.org/azrieli-fellows-news/call-for-applications-for-the-azrieli-international-visiting-phd-fellowship/


Стажировки для пхд студентов в израиле с хорошей стипедией.

Научника надо оперативно искать самому

Читать полностью…

#datavis

Скинули сайт с красивым объяснением про гипотезы и всякие p. Можно воровать картинки для студентов

https://www.statsig.com/blog/hypothesis-testing-explained

Читать полностью…

Список инструментов для работы ученого. А что из этого используете вы? Добавляйте свои рекомендации в комментарии.

💡Reference Management:

1. Endnote
2. Mendeley
3. Crossref
4. citethisforme
5. Zotero

💡Data Analysis & Visualization:

6. Tableau
7. SPSS tutorials
8. MindMeister
9. Lucid Chart
10. Draw.io

💡Note Taking:

11. Evernote
12. OneNote
13. Scrivener
14. Obsidian
15. Notion

💡Paper Writing:

16. LaTeX
17. Overleaf
18. Google Docs
18. Paperpal
19. Trinka.ai

💡Literature Review:

20. Litmaps
21. Scite
22. Connected Papers
23. Research Rabbit
24. Keenious

Читать полностью…

Нетрусов, Котова. Учебник по микробиологии (на русском): https://chembaby.ru/wp-content/uploads/2016/02/netrusov_a_i_kotova_i_b_mikrobiologiya.pdf

#учебник

Читать полностью…

Друзья, голосуйте за этот канал по ссылке: /channel/boost/molbiolrf

Читать полностью…

Пример написания абстракта к статье от Nature: https://www.nature.com/documents/nature-summary-paragraph.pdf

Читать полностью…

Статья о том, как микоплазма влияется на культуру клеток млекопитающих и почему так важно своевременно тестировать культуры на предмет контаминации: https://www.news-medical.net/life-sciences/Effects-of-Mycoplasma-Contamination-on-Research.aspx

#мокрая_биология

Читать полностью…

Обзорная статья о том, какие элементы позволяют РНК оставаться в клеточном ядре: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8632128/

#статья

Читать полностью…

Fluorescent Spectrosopy and Microscopy

#учебник

Читать полностью…

Как выбрать тип графика для визуализации данных.

Читать полностью…

🧬 мРНК-вакцины против рака: как «генетический паспорт» опухоли превращается в лекарство?

После успеха мРНК-вакцин против COVID-19 многие ожидают прорыва в онкологии. Но как работает эта технология? Почему персонализированные вакцины — будущее борьбы с раком?

Разбираемся в деталях с кандидатом биологических наук, доцентом института естествознания и спортивных технологий МГПУ Юлией Кроповой.

Читать полностью…

Советы о том, как бороться с прокрастинацией про написании статьи, тезисов и т.д.

Читать полностью…

catRAPID - алгоритм предсказания взаимодействия РНК:белок. Ссылка на документацию: http://service.tartaglialab.com/static_files/shared/documentation.html

#биоинформатика

Читать полностью…

Всем привет! До 30 марта идет набор на летнюю школу EMBL, очень советую податься - хорошая возможность сходить познакомиться с лабораториями если вас интересует поступление туда:)

This year’s event will take place from 14–25 July 2025 at EMBL Heidelberg, and applications are now open! The deadline to apply is 30 March 2025, and full details can be found on our website: https://www.embl.org/summerschool/

*там написано что это больше для студентов технических специальностей, но в прошлом году биологи тоже были

Читать полностью…

Как написать научную статью.

Читать полностью…

Гайд по типам Literature reviews

Читать полностью…

Как написать research proposal

Читать полностью…

SQL Cheatsheet:

- SQL Basics Cheat Sheet
- SQL for Data Analysis Cheat Sheet
- SQL Window Functions Cheat Sheet
- SQL JOIN Cheat Sheet

Вот если вы не знаете SQL или только начинаете учить, попробуйте просто выучить наизусть несколько примеров, и будет полегче

Читать полностью…

В Москве объявили о старте приёма заявок на Национальную премию в области будущих технологий «ВЫЗОВ» с призовым фондом в 60 миллионов рублей

«С большим удовольствием объявляю о старте уже третьего сезона премии «ВЫЗОВ». Уверен, мы увидим новые научные имена и прорывные открытия», – отметил Дмитрий Чернышенко, заместитель Председателя Правительства РФ, председатель Попечительского совета фонда развития научно-культурных связей «Вызов».

Награду могут получить учёные или изобретатели в пяти номинациях:

• «Перспектива» – вручается молодым учёным до 35 лет.
• «Инженерное решение» – за важное изобретение или создание новой технологии.
• «Прорыв» – за исследование, позволившее решить важную научную или технологическую задачу.
• Discovery («Открытие») – номинация для иностранных учёных и россиян, живущих за рубежом.
• «Учёный года» – за суммарный личный вклад в изменение ландшафта науки.

«Мы видим, как растёт интерес к премии «ВЫЗОВ». Это говорит о высокой оценке со стороны научного сообщества. В этом году мы ожидаем увеличение числа заявок и расширение географии», – поделился Леонид Шляховер, президент фонда развития научно-культурных связей «Вызов».

Премия вручается за наукоёмкие разработки, обладающие значительным потенциалом для изменения жизни людей к лучшему и имеющие горизонт практического внедрения до 10 лет.

«Всего лишь за два года премия «ВЫЗОВ» стала крайне востребованной и в России, и даже в других странах. А секрет успеха очень простой – работа научного комитета, которая построена на принципах абсолютной беспристрастности и высокой компетентности», – отметил Артём Оганов, председатель научного комитета премии «ВЫЗОВ».

Национальная премия в области будущих технологий «ВЫЗОВ» учреждена Фондом развития научно-культурных связей «Вызов» совместно с Газпромбанком. Партнёрами выступают Госкорпорация «Росатом», фонд «Росконгресс», Правительство Москвы.

«Национальная премия «ВЫЗОВ» – один из значимых инструментов поддержки передовых научных разработок. Именно поэтому Москва последовательно увеличивает объём финансирования премии: если в 2023 году сумма поддержки составляла 50 млн рублей, то в этом году она увеличилась до 60 млн рублей», – подчеркнул Анатолий Гарбузов, министр Правительства Москвы, руководитель Департамента инвестиционной и промышленной политики города Москвы.

«Сегодня приоритетной задачей для страны является трансфер знаний в экономику. Именно поэтому критически важно обеспечить взаимодействие государства, науки и бизнеса в новых форматах. Растущий интерес к «ВЫЗОВу», в том числе, и от международного научного сообщества, лишний раз подтверждает важность открытий наших ученых и уверенное стремление к технологическому лидерству и экономическому росту», – заметил Дмитрий Зауэрс, заместитель Председателя Правления Газпромбанка, член Совета фонда «Вызов».

Подать заявку можно на сайте премиявызов.рф до 21 мая.

#премия_вызов #фонд_вызов

Читать полностью…

Взять силы у природы и публиковаться в Nature: учим Python — живой язык, натурально созданный для биологов

Среда:
😞 Я знаю, что ничего не знаю о питоне

Утро пятницы:
✅ Я работаю в Google Colab и пишу свой первый код
✅ Я обрабатываю таблички с результатами экспериментов
✅ Я фильтрую fastq, конвертирую файлы из формата в формат
✅ Я строю красивые графички
✅ Я превращаю скрипты в инструменты для автоматизации задач

Но как это возможно? Ловите пайплайн от Бластим:

0️⃣* Регистрируемся на бесплатный вебинар «Автоматизация рутинных задач учёного с помощью Python»
1️⃣ Подключаемся в четверг 20 февраля в 19:00 по мск
2️⃣ Обрабатываем реальные данные эксперимента шаг за шагом
3️⃣ Узнаем проверенные техники, которые помогут выучить Python быстрее
4️⃣ Задаем все наболевшие вопросы опытному биоинформатику

*Мы уже нумеруем список с нуля, чувствуете, да, подул свежий ветер питона?

Ждем вас завтра в онлайне на встрече с легендарным преподавателем Александром Ильиным, где каждая секунда наполнена пользой и любовью к программированию: ссылка для присоединения ❤️

Читать полностью…

Чтобы оставаться востребованным специалистом на рынке биотеха, уже недостаточно знать только базовые методы машинного обучения.

Важно уверенно применять классические методы ML, а также владеть знаниями нейросетей и Computer Vision.

Приходите на курс «Машинное обучение в биологии и биомедицине» от OpenBio, чтобы:
➕расширить свой спектр профессиональных компетенций,
➕научиться использовать ML в NGS и распознавании изображений из клинических данных
➕а также и получить опыт работы на практических кейсах.

Продолжительность обучения: 3.5 месяца в гибридном формате
📈 Предусмотрены скидки для аспирантов (10%), студентов (30%), а также 15% по промокоду MOLBIOL.

Оставьте заявку на обучение или консультацию до 16 февраля, и мы предоставим вам демодоступ к курсу на 3 дня.

✔️ Оставить заявку ✔️

Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!

Реклама. АНО "ИЦК".

Читать полностью…

DNA fiber assay protocol: https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/cpsc.115 Детальное описание протокола и анализ результатов.

#мокрая_биология

Читать полностью…