#возвращаясь_к_напечатанному

Всем, всем, всем!

Как мы недавно писали, фирма "Международный издатель", предлагающая купить соавторство в научных статьях за деньги, в качестве "архива исполненных заказов" разместила на своем сайте... списки из множества статей российских авторов, которые: 1) совершенно точно не продавали никакого соавторства и 2) благополучно опубликовались в хороших журналах. По сути дела, людей просто оклеветали, приписав им крайне неодобряемое в научных кругах деяние. Вот здесь выложена таблица из всех этих статей - желающие могут поискать себя (скорее всего, найдете, если публиковались в хороших журналах).

К борьбе против этих деятелей уже подключился депутат Госдумы профессор РАН Мажуга @MAGnit80, который направил обращение в Генпрокуратуру. Практически сразу нам написал ректор Мордовского государственного университета @DmitriiGlushko, который подключил к работе команду сильных юристов, за что ему большое спасибо. Они подготовили коллективное обращение, под которым уже оставили свои подписи несколько десятков пострадавших ученых.

Коллеги из МГУ Огарева ведут сбор подписей. Если вы пострадали от действий "Международного издателя" - присоединяйтесь!

Алгоритм действий:

1) Прочитайте, распечатайте и подпишите обращение
2) Найдите свои работы на сайте "Международного издателя" и сделайте скрины
3) Отправьте скан и скрины Александру Давыдкину, проректору МГУ Огарева по научной работе: @aldavydkin
4) В идеале (если есть время и возможность) - отправьте оригинал подписанного обращения почтой: 430005, Республика Мордовия, г. Саранск, ул. Большевистская, д. 68, для Давыдкина А.М.

Чтобы избежать лишней бумажной работы, старайтесь собрать под каждым сканом максимум подписей от пострадавших коллег.

Распространите информацию как можно шире - чем больше ученых присоединится к обращению, тем лучше.

Ваши,

Смотрители @ivoryzoo

Читать полностью…

Привет, друзья! 👋

Недавно мы провели вебинар, посвященный введению в Uplift-моделирование от эксперта в области, Артема Савельева.

Публикуем запись вебинара:
🎥 YouTube | Яндекс.Диск

В нашем курсе Продвинутые методы машинного обучения Uplift-моделированию посвящен объемный модуль, состоящий из 10 уроков! Приглашаем вас присоединиться к курсу и погрузиться в тему Uplift-моделирования! И не только в нее 🙂 В курсе мы рассказываем о различных нетривиальных и не всегда простых, но важных приложениях классического машинного обучения к решению практических задач.

В течение этого месяца на курс действует промокод.

P.S. В ближайший месяц мы планируем опубликовать серию небольших статей в telegraph, посвященных обзору различных прикладных задач машинного обучения, и начнем с Uplift!

Хорошего дня! 🌞

Читать полностью…

Напишу и подборку смешных историй из мира науки, чтобы сбалансировать настроение

😅 После стажировки мне нужно было отдать рабочий компьютер, на котором хранились обработанные данные для будущей научной статьи. На нём стоял пароль, который тоже пришлось сказать постдоку. Для безопасности этот пароль был не слишком важен, потому что компьютер стоял в закрытом офисе и, если уж какой-то хакер настолько сильно захотел взломать институт, что пробрался в здание, вряд ли бы его остановил сложный пароль. Поэтому он был коротким и легко печатаемым: pumparam. Было очень неловко передавать его постдоку. Она ещё не поняла эту фразу и с английским акцентом переспросила: „пампарэйм?“

👨‍💻 А за 3 месяца до этого, на второй рабочий день, я забыл этот пароль из-за перегрузки информацией в начале работы и 2 часа пытался взломать свой компьютер. В конце стажировки руководитель сказал, что было очень приятно со мной работать, потому что стажёры обычно довольно глупые. Он не знал, что я начал стажировку, забыв то, что сам же и придумал

💊 В одной фармкомпании собрали сотрудников на важное совещание. В лабораторию часто заказывали реактивы, а потом передумывали и возвращали заказ обратно. Само по себе это не было проблемой, но руководство собрало сотрудников, чтобы попросить писать причину возврата более осмысленно. В пример привели следующие фразы, указанные в документах:

- Упс
- Упси
- Лаженька вышла

До сих пор использую фразу „лаженька вышла“, когда что-то идёт не по плану

🐀 В фармакологической лаборатории крысам вводили кислоту через клизму, чтобы смоделировать воспаление кишечника. Но учёным было мало такого унижения над животными, поэтому в протокол входил ещё один шаг. После клизмы, чтобы распределить вещество по кишечнику, крысу надо было взболтать (но не смешивать). Так и выглядел рабочий день: подготовить животное, поставить клизму и немножко потрясти. Со стороны, да и от первого лица, выглядело довольно абсурдно. А крыска под наркозом ритмично качала головой

⚰ Однажды читал статью на Биомолекуле, где авторы исследовали редкое заболевание. Пациентов по миру они как-то собрали, а вот контролей для нормального статистического анализа не хватало. Тогда они стали звать сотрудников института к себе на чай с печеньками, а затем уговаривать сдать кровь на исследование. Через какое-то время люди стали называть их отдел замком Дракулы и обходить стороной, не ведясь на печеньки

Читать полностью…

Фармкоррекция ночного апноэ и причём тут психоделики

Важная тема, особенно часто пропускается из виду у пациентов, которые жалуются на то, что не высыпаются и поэтому спят весь день. Психологи находят в этом избегание проблем, некий копинг, а психиатры в силу трудности диагностики такого состояния, т.к. нужен свидетель апноэ (супруг, родственник), либо запись полисомнографии, часто списывают на депро-тревоги.

А схема достаточно простая. Сначала идут интраназальные ГКС (мометазон чаще всего используется/дешев, флутиказона пропионат лучше всего работает), а вот затем опции поинтереснее, с учётом предполагаемого механизма действия. Несколько исследований выявили высокий уровень альдостерона во время сна, что связывают с отёком тканей шеи и верхних дыхательных путей, поэтому предлагают использовать антагонисты минералокортикоидных рецепторов типа спиронолактона, что собственно и помогает в некоторых случаях, особенно если есть сопутствующая артериальная гипертензия. Хотя тут может быть подмена причины и следствия, т.к. существуют данные, что именно хроническая периодическая гипоксия вызывает спазм сосудов почки и стимуляцию секреции гормонов надпочечников через активацию ренин-ангиотензин-альдостероновой системы, но факт эффективности надо иметь ввиду и использовать по ситуации. Снижение массы тела работает, но механика апноэ не всегда связана с анатомическим дефектом, поэтому подходит не всем, но в целом худая шейка меньше сдавливает верхние дыхательные пути. Там же затесались и фентермин с топираматом, но мне кажется, что тут и сам фентермин может давать повышение тонуса и улучшение нейроконтроля дыхания во сне, но это моя гипотеза. Умные дяди и тёти придумали экзотический коктейль из спиронолактона и атомоксетина и назвали ato-spiro. Идея состоит в том, что норадреналин регулирует тонус мышц, в том числе, назофарингеальных и повышение его концентрации позволяет этот тонус поддерживать на достаточном уровне во время сна, причём эта комбинация работает и в отсутствии спиронолактона, так что говорить, что это кофаундинг рано, надо бы детальнее исследовать этот инструмент. Это интересный офф-лейбл о котором мало говорят. Там вообще много чего интересного в плане контроля нейтротрансмиттерами тонуса мышц во время сна и респираторного драйва. Несколько работ показали положительный эффект ( снижение индекса апноэ/гипопноэ - AHI) от комбинации флуоксетин +ондансетрон (на 30%), флу в моно, L-триптофана и буспирона, но самый мощный эффект был зафиксирован от комбинации атомоксетин + оксибутинин (на 60 % AHI снижался) [такое тоже можно собрать из аптеки]. Отсюда мы плавно перетекаем к вопросу, а причем тут психоделики. Известно, что система 5HT2A регулирует порог пробуждения и поэтому блокаторы, которые еще и ингибиторы SERT, типа тразодона также демонстрируют положительный результат за счёт двойного механизма действия. Сами по себе агонисты могут этот порог вообще поломать, поэтому сон будет похож на агональное дыхание с частными глубокими вдохами, когда уровень pCO2 уже достаточно высок и пора бы подышать, но тебе просто похуй. При этом с тонусом то все в порядке, т.к. агонисты тормозят переход в глубокие фазы сна и ты как бы спишь поверхностно. В общем, взаимосвязи там сложные, как-нибудь на бусти распишу. Эффект схож на опиоды чем-то. Кстати, частая причина детской смерти это остановка дыхания во сне. Есть данные, что у таких детей обнаружен дефектный 5HT2A, отсюда они как бы поворачивают головушку в подушку и все, мозг сигнала голову перевернуть на другой бок не дает и ребеночек тихо задыхается. Стоит расширить списочек регуляторами дыхательного цикла, который управляется как всякими хемосенсорами, так и системами типа 5HT2 рецепторы на дыхательных ядрах. На первые можно повлиять через буферные системы, например используя ацетозоламид. При этом седативы: типа бензов/барби/алко усугубляют клинику апноэ, кроме зопиклона и эсзопиклона, о чём стоит помнить, когда пациент с паттерном инсомния+апноэ. Материал закреплю картиночками, для разминки глаз.

Кружок Пейпеца | Дзен
Кружок Пейпеца | Boosty

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGASCI webinar on data science:
👨‍🔬 Кирилл Хоружий, Егор Урванов " Апдейты про проекту применения МЛ к теории групп"
⌚️ Четверг, 29 Сентября, 18.00 по Москве

Обсудим текущий прогресс.
Нам уже удалось превзойти SOTA для кубика 333 по длине решения, при меньшем времени.
Кирилл расскажет ноутбук с решением: https://www.kaggle.com/code/ka1242/beamsearch-with-solution-for-rc3
Егор расскажет о организации процесса - Конфлуенсе и Жира.

————————

Напоминаем, что мы продолжаем наш проект по применению МЛ/RL методов к математическим задачам теории групп и графов Кэли. Если Вы хотите присоединиться - напишите @Alexander_v_c - мы всем рады !

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

Читать полностью…

О кратчайшем пути на графе III
(или о том что случайные блуждания как оценка расстояния до целевой вершины работает)

Кажется вместе с @sberlogasci мы вышли на SOTA уровень по сборке кубика 3x3x3 (вроде NP-complete problem) на основе этого подхода (without human knowledge)! В таблице красным выделен лучший опубликованный результат AlphaCube (14M parameters) и синим наш результат (4M parameters).

Поиграться с моделями и посмотреть на решения можно на kaggle.

// но для 333 это не столь содержательно, так как тут и тут предпосчитали большой Pattern Databases, на котором можно за 2с имея 200GB ram найти решение :)

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGABIO webinar on biology :
👨‍🔬 Елизавета Минина "CAR-T: механизмы, плюсы и минусы, перспективы. Часть 2. "
⌚️ Пятница, 22 Августа, 17.00 (по Москве)

Add to Google Calendar

Две недели назад мы разбирали, что такое CAR-T и в чем плюсы и минусы этой клеточной технологии терапии рака. Многие из существенных ограничений CAR-T препаратов, одобренных FDA, можно обойти, экспрессируя рецептор CAR не в T-клетках, а в других лейкоцитах – NK-клетках, NKT-клетках, макрофагах и других. На этой лекции мы разберем, чем функционально различные группы лейкоцитов с экспрессией CAR могут превосходить «классические» CAR-T, какие ограничения присутствуют в каждом случае и как обстоят дела с клиническими испытаниями у каждой группы лейкоцитов с экспрессией CAR.

О докладчике: Елизавета Минина - молекулярный биолог и автор замечательного телеграм канал "Liza loves biology" - /channel/liza_loves_biology - обязательно подписывайтесь !


Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

Читать полностью…

Самая провокационная и последняя летняя подборка телеграм-каналов

Я решила сделать это и наконец по-честному описала каждый канал, который читаю, с оттенками, которые не всем приятны.

Анча Баранова — остроумный профессор, который разбирается в биомед повестке и поражает подписчиков своей продуктивностью в просвещении. Наверное, у неё тоже есть свои скелеты в шкафах, а точнее — скелеты закошмаренных аспирантов. Возможно, она расскажет об этом.

Уроки истории медицины — тг-канал, где из истории медицины выбивают пыль своими постами, например — рисунок 100-летней давности детской поликлиники глазами художницы из США. Выглядит так, как говорят на России-1 про сегодняшние штаты.

Поясни за мед — врач-борец, борется за взгляды Семашко, того самого министра, который основал здравоохранение СССР, будучи другом Ленина в эмиграции (!!wtf!!). Отстаивает взгляды плотно, вступает в дискуссии с капиталистами (мной например). Пока сам как организатор здравоохранения соорганизовал nocode-сервиc и запустил чат-бот @poyasnizamedbot.

Независимая Национальная Академия Доказательной Медицины (ННАДМ) — канал для тех, кто хочет разобраться в нюансах доказательной медицины. Разбирают разные типы смещений и ошибок, ссылаются на российские и зарубежные публикации в хороших журналах. Не стыдно показать маме, папе и научному руководителю.

Флеболог Астафьева — доверенный флеболог, который работает руками над чьими-то ногами с торчащими венами. В прошлом месяце отправился мой друг с торчащими венками, вернулся — только с красивыми.

(sci)Beloga Всех наук и Технологий — наши отношения только начались, мы пока не определились с админом "на ты" или "на вы". Канал про машинное обучение, про молекулярную медицину и про всё трендовое и fresh в широком смысле слова. А я читаю такое.

Ночная Охота. Врач-писатель на тропе рефлексии своей работы в ОРИТ. Пожалуй, лучший пост в ответ на "Традиционные ценности защитят от оспы обезьян". Трудится в НИИ Склифосовского и активно работает над реамемационными шпаргалками.

НЕВОЛИН — женатый медик, который пишет подкасты про медицину, а поддерживает его некая Арина согласно тем самым подкастам. Не скрепно, не традиционно, но интересно. Рекомендую ознакомиться с творчеством, в том числе — на Яндекс.Музыке.

МедФарм — одинаково ровно сообщает как о суперсенсациях, так и о новостях, которые значимы только для двух отделов фармацевтических компаний-конкурентов. Зато всегда интрига, какая новость на самом деле важная, а какая — so-so.

Школа деда — оксюморон заключается в том, что деда опять отправляют в школу. Ведёт врач-гериатр, делает много эфиров и активно трудится на гериатрическими цифровыми решениями, например, как это, по деменциям. Сдавайте ему на консультацию всех лиц старше 65 лет.

Как живёт детский хирург — эмоциональные качели и бурный профессиональный рост и.о. заведующего отделением одной из ведущих детских больниц. Можете узнать и что-то новое, и что самые красивые мужчины — разведённые триатлонисты.

Зоопарк из Слоновой кости — канал про политику в академическом мире и про академический мир — в политическом. Периодически видят русофобию там, где она бывает.

Новости нейронаук и технологий — не пишут о том, о чём не пишут и другие СМИ. Но и не должны! Редакторы: Нейроиишница и Алексей Паевский, "всегда двое их — учитель и ученик". Когда-то кто-то кого-то 😵, но это не точно.

Подводит черту Медицинская Россия — классическое тарантиновское медицинское СМИ с мощным чатом, где врачи искусно высказываются о том, что думают обо всём происходящем. Рекомендую читать на транках, не рекомендую — беременным. По слухам иногда сам Дмитрий М. пишет посты в две руки с редакторами.

Вот так, всё честно и искренне, как обычно, в Иконе фармы. Никаких больше подборок до середины сентября.

Читать полностью…

Позвольте Вам порекомендовать канал нашего коллеги:

Дима Ирешев - руководитель проектного офиса в e-com и автор канал Управление проектами и продуктами. С воем канале Дима публикует результаты исследований, подборки мероприятий в ИТ, статьи и видео на тему управления командой и проектами.

Могу порекомендовать посты
🔵 ТОП-15 бесплатных курсов по управлению проектами
🔵 Зарплаты в IT в первом полугодии 2024 года
🔵 Тренды в проектном управлении
🔵 Как устроены крупные ИТ компании

"Я начинал вести свой канал с простой гипотезы: "всё что мне показалось интересным, может оказаться полезным кому-то ещё". Я до сих пор продолжаю лично отбирать материалы: да, я все это читаю и смотрю."

👉 Подписывайтесь на канал /channel/dmitrii_ireshev_Agile_PMP

Читать полностью…

Существует ли вакцина от рака?

Мы воспринимаем слово «вакцина» как нечто профилактическое. Сделал укол - и рака никогда не будет.
Но на самом деле противоопухолевые вакцины - это совсем другое.

Справедливости ради, профилактической вакциной от рака можно назвать прививки от вируса папилломы человека (у меня есть целая серия постов про это, посмотрите в Навигации) и гепатита В.

Но чаще всего, когда речь идет о противоопухолевых вакцинах, речь идет именно о терапевтических вакцинах, то есть которые воздействуют на уже существующую опухоль.

Как это работает и почему так называется?

На поверхности опухолевых клеток находятся белки, которые отличают их от клеток здоровых (антигены). Опухолевые вакцины используют эти различия, «показывая» их иммунной системе и, таким образом, заставляя ее атаковать клетки с этими особенными белками на поверхности.
То есть они как бы демонстрирует иммунной системе: «увидишь такого - уничтожай!»
То же самое происходит во время вакцинации от инфекционного заболевания: специальные клетки (они называются антиген-презентирующие) захватывают, скажем, ослабленный вирус, находят у него важную часть (антиген) и показывают лимфоцитам (презентируют). Лимфоциты ищут все, что совпадает с увиденным и уничтожают. Поэтому когда в кровь поступает вирус уже настоящий, а не из вакцины, иммунная система уже научена и находится начеку.

Вакцины могут быть неспецифическими, то есть использоваться для всех пациентов или индивидуальными, то есть такими, которые подбирают для конкретной опухоли конкретного пациента.

Неспецифической является вакцина БЦЖ (да-да, та самая от туберкулеза), которую используют в лечении рака мочевого пузыря. Строго говоря, по механизму действия она не является «вакциной», то есть не предъявляет иммунной системе «предателя», а действует другими путями. Но это вакцина, она используется и работает, поэтому она здесь.

На данный момент зарегистрирована вакцина Сипулейцел-Т, которая предназначена для лечения кастрационно-резистентного рака предстательной железы. Это не просто какой-то укол, а целый процесс. Из крови пациента берут иммунные клетки, которые обладают антиген-презентирующей функцией (а именно дендритные). Далее эти клетки учат показывать конкретный белок (который есть на клетках рака предстательной железы). А затем - вводят пациенту обратно. Они демонстрируют тот самый белок всем заинтересованным (Т-лимфоцитам), которые с этого момента понимают, на кого им охотиться.

Собственно, так и работают вакцины из дендритных клеток, про которые многие уже слышали и спрашивали: их учат демонстрировать конкретный белок, который находится на поверхности опухоли, а затем возвращают пациенту.
Помимо вакцин на основе дендритных клеток, существуют и другие виды вакцин: на основе цельных опухолевых клеток, опухолевой ДНК или РНК, а также пептидные вакцины.

Важно понимать, что все остальные вакцины (не БЦЖ, и не Сипулейцел-Т) находятся сейчас на этапе клинических испытаний.
Это значит, что пока у нас нет четких данных о том, насколько это эффективно и безопасно.

Да, я знаю, что есть институты, которые предлагают такой метод лечения.
Но ответ у меня всегда один и тот же: если для вашего заболевания есть стандартные виды лечения, начните с них. Пожалуйста.
Я полностью поддерживаю желание попробовать абсолютно все, тем более если у метода есть реальная научная основа, как в случае с вакцинами, но считаю, что начинать нужно с того, относительно чего есть крепкие доказанные данные.

Берегите себя.

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bionformatics and data science:
👨‍🔬 Елизавета Минина "CAR-T: механизмы, плюсы и минусы, перспективы."
⌚️ Пятница, 9 Августа, 17.00 (по Москве)

Add to Google Calendar

Арсенал противораковых препаратов, которые успешно проходят клинические испытания по стандартам FDA, с каждым годом увеличивается. В частности, к настоящему моменту одобрены для лечения гематологических злокачественных заболеваний шесть препаратов, основу которых составляют T-клетки, экспрессирующие химерные антигенные рецепторы (CAR-T) и распознающие опухолевые антигены. Несмотря на успех в терапии гематологических неоплазий, CAR-T оказались малоэффективными против сОлидных опухолей по ряду причин. В частности, CAR-T клетки плохо инфильтруются в опухоль, а микроокружение опухоли способствует истощению CAR-T клеток, снижая их цитотоксические функции. В рамках этой лекции мы обсудим основные механизмы терапевтического действия CAR-T, пути, по которым мы можем исправить недостатки CAR-T терапии, а также посвятим часть лекции перспективам использования CAR-экспрессирующих клеток, отличных от T-клеток, таких как CAR-NK клетки и другие.

О докладчике: Елизавета Минина - молекулярный биолог и автор замечательного телеграм канал "Liza loves biology" - /channel/liza_loves_biology - обязательно подписывайтесь !

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

📖 Presentation: /channel/sberlogabio/78293
📹 Video: https://youtu.be/gA24XbFzqa8
📓 Paper: /channel/sberlogabio/78292

Дополнительно видео есть тут: (для случаев замедления ютуб)
/channel/sberlogasci/19688/20194

Читать полностью…

Коллеги, мы узнали о полезном канале «Научные конференции», который посвящен научным конференциям, круглым столам, открытым лекциям и другим мероприятиям для представителей естественных и технических наук.

Присоединяйтесь: @confsci

Читать полностью…

Разрыв в ресурсах между академическими институтами и компаниями очень впечатляет. Заведующий очень крутой лабораторией публикует вакансию с фотографией системы из 8 топовых видеокарт от NVIDIA. В комментариях пишут, что это фото очень привлекательно для учёных, работающих с данными. Одна такая видеокарта стоит около 30 тысяч евро. Другой известный биоинформатикой институт пишет, что у них в кластере 150 видеокарт. Не самых крутых, а в целом.

У Меты 340 тысяч только топовых карт

Читать полностью…

❗️Дорогие друзья! У нас для вас отличные новости: 8 августа в 18:00 по московскому времени наш давний друг Алексей Паевский, научный журналист и основатель портала Новости нейронаук и нейротехнологий, прочитает лекцию "Мозг и космос: что меняется в голове у космонавта на МКС". Лекция организована совместно с Научным клубом ФББ.

🚀 Вот уже более 60 лет человек покоряет космос. Мы знаем, что невесомость влияет на мышцы и кости человека, но гораздо меньше известно о том, как она воздействует на нервную систему и мозг. Как перестраивается мозг во время длительного космического полета? Можно ли сойти с ума в космосе? Ответы на эти и многие другие вопросы дает астронейробиология, или космическая нейронаука.

📆 Когда: 8 августа, 18:00, онлайн-формат.

💻 Лекция будет транслироваться на Youtube по ссылке: Lv.fbb.msu.ru/sciclubyt.

🎬 Как обычно, запись лекции будет доступна и опубликована на нашей странице в VK, также в канале Нейрокампуса в Rutube.

Читать полностью…

🚀 Рады порекомендовать Вам замечательный канал, нашей старой знакомой - подписывайтесь:

🔬 Канал "Молбиол, биоинформатика, Life Science" 🔬

Ищете свежие научные статьи, полезные лекции, учебники и пособия? Хотите быть в курсе актуальных вакансий и мероприятий (конференций, воркшопов, школ) в мире молекулярной биологии? Тогда этот канал для вас: /channel/molbiolrf

💡 Что вы найдете у нас:
- Научные статьи и лекции
- Учебники и пособия
- Протоколы и программное обеспечение
- Актуальные вакансии
- Информация о конференциях, воркшопах и школах

📬 По всем вопросам и для размещения рекламы обращайтесь к: /channel/lopatushka

💬 Присоединяйтесь к чату канала: /channel/molbiolrf_chat

Будьте на шаг впереди в мире молекулярной биологии с нами!

Читать полностью…

Коллеги, хотелось бы поделиться с Вами информацией из известного многим канала "Зоопарк из слоновой Кости"

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGASCI webinar on mathematics and data science:
👨‍🔬 Sergei Gukov "What makes math problems hard for reinforcement learning: a case study"
⌚️ 19 September, Thursday 19.00 Moscow time

Add to Google Calendar

Can AI solve hard and interesting research-level math problems? While there is no mathematical definition of what makes a mathematical problem hard or interesting, we can provisionally define such problems as those that are well known to an average professional mathematician and have remained open for N years. The larger the value of N, the harder the problem. Using examples from combinatorial group theory and low-dimensional topology, in this talk I will explain that solving such hard long-standing math problems holds enormous potential for AI algorithm development, providing a natural path toward Artificial General Intelligence (AGI).

The talk is based on a recent paper: https://arxiv.org/abs/2408.15332

О докладчике: Сергей Гуков - профессор КалТех, выпускник МФТИ и Принстона, один из наиболее известных специалистов по теории струн и математической физике, в последние годы занимающийся применением методов Reinforcement Leaning к задачам математики и физики.

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga and in telegram: /channel/sberlogasci/19688 - subscribe !

Анонс на твиттер:
https://x.com/sberloga/status/1835702457260765359
Ваши лайки и репосты - очень welcome !

Читать полностью…

Коллеги рекомендуем Вам широко известный канал про все что связано с нейро-психо-фармакологией - Кружок Пейпица /channel/Papez_club
Всем кому интресна эта тема - подписывайтесь !

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bionformatics and biology:
👨‍🔬 Баль Наталья, к.б.н., "Изменение экспрессии генов в гиппокампе после обучения у грызунов"
⌚️ Четверг,12 Сентября 18.00 по Москве

Add to Google Calendar

Обучение - это сложный биологический процесс, одним из компонентов которого является изменение экспрессии генов в некоторых областях мозга. Гиппокамп представляет собой участок мозга, в котором происходят активные изменения в нейронах во время формирования некоторых видов памяти, включая память на события в определённой обстановке. В докладе я расскажу о литературных данных, в которых исследованы изменения экспрессии генов в гиппокампе после обучения животных в модели обстановочного условно-рефлекторного замирания, а также о собственных исследованиях в этой области, в которых мы анализировали дифференциальную экспрессию генов в отдельных зонах гиппокампа после обучения.

О докладчике: Баль Наталья, к.б.н., н.с. Института высшей нервной деятельности и нейрофизиологии Российской академии наук
Также автор замечательного канала по нейробиологии: /channel/neuronsandsynapses - подписывайтесь !

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

Читать полностью…

Коллеги,
Тем кто ищет вакансию/стажировку или наоборот ищет кандидатов
(биология , биоинформатика)
может быть полезна голосовалка:
/channel/sberlogabio/79269

ПС
Поиск работы/стажей не всегда прост.
Возможно телеграм голосовалки, дают еще одну возможность для такого поиска.
Те кто ищут (пункт 2) - смогут связаться с теми, у кого есть что предложить (пункт 1)
и возможно, кто-то найдет для себя что-то полезное.

Читать полностью…

Привет, Друзья!!

Мы рады сообщить вам, что у нас есть специальный канал, где вы можете найти актуальные вакансии, а также разместить своё резюме.

Присылай свои CV с указанием области интересов, попробуем помочь Вам найти интересную работу.

Уважаемый HR-ы, также ожидаем и вашего активного участия 😊

Контакт @Zabis13

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGASCI webinar on data science:
👨‍🔬 Eгор Урванов "Confluence and Jira для проекта ML для графов Кэли" (18.00 -18.20)
👨‍🔬 Нурсултан Нарынбаев , Владислав Замковой "Модели на основе трансформера для графов Кэли" (18.20-19.00)
⌚️ Четверг, 22 августа, 18.00 (по Москве)

Add to Google Calendar

Егор Урванов расскажет о Confluence and Jira и как ими пользоваться.

Нурсултан и Владислав расскажут о моделях на основе трансформеров для нахождения путей на графах Кэли. В частности, и модель которая использовалась на Kaggle Santa 2023. Как удалось выяснить данная модель использует полиси подход , а не валуе (как у нас), то есть предсказание хода, а не оценка позиции. Кроме того в данном ноутбуке было предложено использование этой модели для укорачивания уже существующего пути, а не поиск с чистого листа (как у нас). Детали алгоритмов не до конца понятны и мы попробуем их разобрать. https://www.kaggle.cojm/competitions/santa-2023/discussion/472606

Вариант трасформера от Нурсултана - с валуе подходом:
https://www.kaggle.com/code/nursmen/santaintorch/
Вариант трасформера от Нурсултана - с полиси подходом:
https://www.kaggle.com/code/kanavis/transformer-notebook
Апвотуты приветсвуются !

————————

Напоминаем, что мы продолжаем наш проект по применению МЛ/RL методов к математическим задачам теории групп и графов Кэли. Если Вы хотите присоединиться - напишите @Alexander_v_c - мы всем рады !


Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

Читать полностью…

Это грустно, но лишь 1 из 3 ML моделей доходит до продакшена. А приносят стат значимо метрик в АВ еще меньше моделей

Какие-то модели решают не те бизнес задачи (дают вероятность оттока, а не кому/когда/какой промокод дать), другие - оптимизируют не те метрики (заказы, а не прибыль), третьи - не интерпретируемы и поэтотому никогда не попадут в прод (диагностика заболеваний)

В общем, путь от ML модели до реальной пользы компании крайне тернист. Почитать про классические и необычные ошибки на таком пути можно почитать на канале @ml4value

Например, про то, как оптимизация метрик поиска роняет деньги

Читать полностью…

NTRK-ингибиторы в терапии глиобластом: клинические случаи

Недавно наткнулась на клин.случай успешного (для глиобластомы это можно назвать успешно) применения энтректиниба у пациента с рецидивирующей глиобластомой с GOPC-ROS1 фьюжном .

Пациенту 68 лет была диагностирована глиобластома в январе 2020 . Он получил стандартное лечение : резекция опухоли, химиолучевая терапия и 12 курсов темозоломида до ноября 2021.
Уже в январе 2022 по МРТ был выявлен рецидив заболевания.
Тогда образец опухоли отправили на NGS ( FoundationOne CDx). Помимо типичных находок для глиобластомы (PTEN loss, CDKN2A/B loss, мутация промотера TERT , мутации EGFR) , был выявлен фьюжен GOPC-ROS1 . Стоит заметить, что по данным ИГХ ранее образец был ROS-1 негативен .
Учитывая данную находку, пациент был включен в клиническое исследование с энтректинибом , получал его 600 мг ежедневно . После двух месяцев терапии был зарегистрирован частичный ответ согласно критериям RANO , а после 4 месяцев терапии - полный ответ , продолжавшийся следующие полгода. Серьезной токсичности отмечено не было.
В январе 2023 вновь был выявлен рецидив заболевания в виде появление нового очага в головном мозге. Пациенту проведено оперативное вмешательство, терапия
энтректинибом остановлена . На момент написания случая пациент получает симптоматическую терапию.

В литературе ранее также были описаны подобные кейсы:
▶️Один из первых клин. случаев эффективности NTRK ингибиторов при опухолях ЦНС был опубликован в 2018 году. 3-летней пациентке спустя 4 месяца после прогрессирования на стандартной терапии в виде резкого клинического ухудшения (рвота, сонливость, трудности при ходьбе) , а также появление опухолевых узлов в головном мозге, учитывая наличие ETV6-NTRK3 фьюжена, был назначен ларотректиниб . Через 4 недели применения, у пациентки прекратились вышеописанные симптомы и противоотечная терапия дексаметазоном была прекращена. К 8 неделе она бегала, танцевала и продолжала осваивать новые слова и речь. Побочных эффектов, связанных с приемом ларотректиниба, не наблюдалось. МРТ, проведенная через 8 недель терапии, показала уменьшение увеличения супраселлярной массы, уменьшение всех метастатических узлов. МРТ через 5 месяцев подтвердила положительный эффект. На момент написания статьи, через 9 месяцев после начала приема ларотректиниба, пациентка продолжала лечение без каких-либо побочных эффектов.
▶️Специалистами НМИЦ Рогачева был опубликован клин. случай терапии энтректинибом у ребенка с глиомой высокой степени злокачественности, обладающей ETV6-NTRK3 фьюженом. Энтректиниб был назначен пациенту во 2 линии терапии, в дозе 100 мг ежедневно, был достигнут полный ответ, длившейся по меньше мере 8 месяцев (на момент публикации статьи).

🔬 Исследование энтректиниба 1/2 фазы STAR TREK-NG (NCT02650401) продемонстрировало обнадеживающие результаты у пациентов с опухолями ЦНС младше 22 лет, с NTRK или ROS1-фьюженом.

▶️Среди взрослых пациентов первый случай успешного применения энтректиниба был описан у пациента с рефраткерной глиобластомой с BCR-NTRK2 фьюженом. Спустя 15 месяцев применения у пациентки зарегистрировано прогрессирование заболевания .

🧬 Ретроспективный анализ полногеномного секвенирования выявил только два релевантных события - это мутация гена BRAF и слияния NTRK (ESCAT I-II). Клинических данных по эффективности NTRK ингибиторов немного, но эффективность и переносимость такого лечения обнадеживает 🙏

Статья о первом клиническом случае будет в комментариях

Читать полностью…

В продолжении темы исследований по онкологии несколько интересных постов от наших коллег:

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGASCI webinar on data science:
👨‍🔬 Obozov M.A. "Stochastic Q-learning. Алгоритмы для больших дискретных пространств."
⌚️ Четверг 8 августа 20.15 по Москве

До этого мы рассматривали достаточно общие алгоритмы в рамках RL-задач. Однако, данные алгоритмы хоть и хорошо работают в целом, они не создавались для задачах с большими дискретными пространствами и показывают неоптимальную вычислительную сложность, а следовательно и для задач кубика рубика или теории групп.

В рамках данного доклада мы рассмотрим алгоритм Stochastic Q-Learning, который показывает наилучшие результаты в рамках задач больших дискретных пространств с точки зрения перфоманса и робастности. В дальнейшем предлагается обобщить результаты этого подхода на нашу задачу и другие методы.

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGASCI webinar on data science:
👨‍🔬 Konstantin Yakovlev: "Combining A^*-algorithm and machine learning methods"
⌚️ Monday 5 August , 18.00 (Moscow time)

Talk will be in English

Add to Google Calendar

"Интеграция методов эвристического поиска (A*) и машинного обучения для решения задач планирования траектории (собственный опыт)"

Аннотация: Алгоритм A* достаточно часто применяется для решения задач со сложной комбинаторной структурой. Его эффективность на практике зависит от того, насколько эвристическая функция (являющаяся по сути входным параметром алгоритма) хорошо оценивает стоимость пути от произвольного состояния до целевого. В задачах планирования траектории обычно используются инстанс-независимые эвристики, такие как, например, Манхэттенская дистанция и др. Они не учитывают особенности конкретной задачи, а именно - расположение препятствий и старта/цели на карте, поэтому часто оказывается, что их использование не ведет к сокращению числа итераций поиска и повышению практической вычислительной эффективности алгоритма. Возникает разумная идея - не можем ли мы применять современные методы машинного обучения, чтобы выучить информативную эвристическую функцию, которая бы учитывала особенности конкретной задачи планирования траектории, и потом применять эту эвристику на практике для повышения вычислительной эффективности поиска. Именно на методах и способах интеграции поиска и машинного обучения и будет сделан акцент в докладе.

О докладчике: Konstantin Yakovlev (PhD): http://kyakovlev.me/

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

Читать полностью…

Что почитать, чтобы подвести итоги недели и/или получить пользу?

Подборка телеграм-каналов, с помощью которой можно легко подвести итоги недели и в этот раз — с обоснованием.

Поясни за мед и Антон Неволин — идут парой, как мои главные собеседники по телеграму в отношение распределения врачей. Врачи с мнением, которым небезразлично здравоохранение.

МедФарм – канал, который позволяет сформировать объективное видение процессов здравоохранения. Подает новости оперативно и в полном объеме, идёт в паре с ФармВестник.

Независимая Национальная Академия Доказательной Медицины (ННАДМ) — группа для тех, кто учится практиковать доказательно и критически оценивать научные публикации. Возможна коллаборация, следите!

Флеболог Астафьева — доверенный флеболог, чьи посты я отправляю подругам и друзьям с венозными сетками для успокоения души. А подруг и друзей — к ней. Рекомендую из практических побуждений.

Ночная охота – канал врача с уверенной женской и профессиональной позициями. Человек пишет и научно, и художественно — в анамнезе написанная книга. Автор IT-калькуляторов и методических материлов по ДВС-синдрому в составе команды Dozator.io

Орфанное радио — канал, с которым интересно вступить в дискуссию и даже в телеграм-скандал. Автор коротко и точно рассказала про закон Второй лишний, одну из большой тройки новостей этой недели.

Брендмейкер Врачей — доктор Владимир Нечепорук, качает врачей блогеров и представляет некоторых в госдуме. Недавно потерял один из своих брендов "DOCSTAR", но сделает новый. Предложение Иконы фармы — Владимирская Блогодельня. Скрепно, актуально, регистрировать не буду.

(sci)Berloga Всех Наук и Технологий — как вы понимаете, Sci-канал, который позволяет держать себя в тонусе на стыке дисциплин. Наука, технологии и быстрое внедрение — вот те традиционные ценности, которые я всегда готова поддержать.

Михаил Виноградов — политолог, который предсказал остальные большие события недели. Кто-то назовёт его "новым жириновским", но главное, чтобы не вколол себе 700 вакцин и не стал героем рубрики Иммунный ответ #привит_умер

Икона фармы — традиционно слежу за новостями и исследованиями, а также — методологией оценки медицинских технологий. Со мной вы не проспите ятрогенную пандемию или появление революционной терапии (степень I, уровень А).

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bionformatics and data science:
👨‍🔬 Antonina Dolgorukova "Stable GOLD solution for NeurIPS 2024 - Predict New Medicines with BELKA competition"
⌚️ Thursday 1 July, 18.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

Antonina will give some details about the 2nd public/13th private solution - the only one that survived the shakeup and stayed in the gold medal zone in private LB.
- Separate approaches for molecules with shared and non-shared building blocks based on ensemble of CNN, GBDT, and GNN models

Solution write-up: https://www.kaggle.com/competitions/leash-BELKA/discussion/519133

Announcement Twitter - please retweet

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

📖 Presentation: /channel/sberlogabio/77898
📹 Video: https://youtu.be/DxtLjvxLgPU?si=jNPUr0khOmS3buSW

Читать полностью…

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bionformatics and data science:
👨‍🔬 Hervé Isambert, CNRS, Institut Curie, Paris "Causal discovery from multivariate information in biological and biomedical data"
⌚️ Monday 29 July at 18.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

In this webinar, I will present the principles and limitations of graph-based causal discovery methods and their improvement using multivariate information decomposition, recently developed in my lab. Applications will range from gene expression data in single cells to nationwide medical databases of cancer patients. I will then discuss the theoretical link between graph-based causality and temporal (Granger-Schreiber) causality, which can both be expressed in terms of conditional multivariate information. While temporal causality is shown to imply graph-based causality, the converse may not be true (see Figure). An application to time series data concerns the analysis of video images of reconstituted tumor ecosystems, which uncovered a novel antagonistic effect of cell-cell interactions under therapeutically relevant conditions.
http://kinefold.curie.fr/isambertlab

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

Читать полностью…