Статьи, лекции, учебники, пособия, протоколы, софт, вакансии, инф-ция о различных мероприятиях (конференции, воркшопы, школы). По всем вопросам (в т.ч. рекламе) обращаться: @lopatushka. Чат канала: https://t.me/molbiolrf_chat
Computational resources for identifying and describing proteins driving liquid–liquid phase separation: https://academic.oup.com/bib/article/22/5/bbaa408/6124912
#биоинформатика
#статья
How to quantify gel bands with ImageJ:
1.Tutorial: https://signagen.com/blog/2019/11/14/protein-quantification-using-imagej/
2. Video: https://www.youtube.com/watch?v=wg5xAbS6iTQ
#мокрая_биология
Top 10 tools for writing research papers.
1. Zotero: A free reference management tool that helps researchers collect, organize, and cite their sources effortlessly.
2. Mendeley: A reference manager and academic social network that allows users to manage research papers, collaborate with others, and discover new research.
3. Overleaf: An online LaTeX editor that allows for collaborative writing and editing of research papers, particularly useful for STEM fields.
4. Paperpal: A multi-dimensional tool for fixing errors, paraphrasing, and overall formatting of the paper.
5. Notion: An all-in-one workspace that combines note-taking, task management, and database functionalities, ideal for organizing research projects.
6. Scrivener: A writing software designed for long-form content, allowing researchers to organize notes, outlines, and drafts in one place.
7. PlagScan by Ouriginal: A plagiarism detection tool that helps researchers ensure the originality of their work by checking for similarities with existing content.
8. EndNote: A powerful reference management software that helps researchers organize their references and format citations in various styles.
9. Paperpile: A reference management tool designed for Google Docs, making it easy to manage citations and references while writing.
10. Canva: A graphic design tool that can be used to create visually appealing graphics, charts, and presentations to complement research papers.
31 октября, 15.00 (London time) EMBL webinar: Programmatic access to UniProt using Python: https://www.ebi.ac.uk/training/events/programmatic-access-uniprot-using-python-2024/
#биоинформатика
🔥 Хотите научиться защищать свои идеи и зарабатывать на них? Присоединяйтесь к бесплатному вебинару и получите подарок! 🔥
На вебинаре мы простым и понятным языком разберем все, что нужно знать о лицензионных договорах и договорах об отчуждении исключительных прав. Вместе с практическими знаниями вы получите эксклюзивный методический материал, который всегда будет под рукой.
💼 Для кого вебинар:
• Для предпринимателей и стартаперов, которые хотят защитить свои инновации
• Для разработчиков и создателей, стремящихся монетизировать свои идеи
• Для всех, кто интересуется правовой защитой своих разработок
📅 Дата: 6 ноября 2024 года
⌚ Время: 20.00 мск
🌍 Формат: онлайн – можно подключиться из любой точки мира!
👨🏫 Наш эксперт не только расскажет о нюансах договоров, но и поделится кейсами, которые помогут избежать распространенных ошибок.
🎁 Бонус для участников: Методический материал, который поможет вам применять полученные знания на практике!
Регистрируйтесь прямо сейчас по ссылке и начните уверенно управлять своими идеями и проектами, превращая их в активы, которые приносят прибыль!
Основатель вебинара ТГ "Научный консультант"
10 статистических ошибок при анализе данных:
Inadequate control groups
2️⃣ Not directly comparing groups
3️⃣ Inflating units of analysis
4️⃣ Spurious correlations due to outliers
5️⃣ Small sample sizes
6️⃣ Circular analysis ('double dipping')
7️⃣ P-hacking: Flexibility in analysis
8️⃣ Failing to correct for multiple comparisons
9️⃣ Over-interpreting non-significant results
🔟 Confusing correlation with causation
Более 50% ученых покидает науку в течение 10 лет после начала карьеры, из них более 1/3 в течение первых 5 лет после публикации статьи первым автором, причем для женщин эти показатели выше, чем для мужчин. Nature: https://www.nature.com/articles/d41586-024-03222-7
#карьера
⏳PhD Students - How to overcome procrastination or delaying things?
Procrastination is quite common among PhD students.
This leads to wastage of a lot of useful time.
9 reasons for procrastination and how to avoid it.
📍𝐀𝐥𝐥 𝐭𝐡𝐢𝐧𝐤𝐢𝐧𝐠, 𝐧𝐨 𝐚𝐜𝐭𝐢𝐨𝐧: Many students keep reading and listening to good ideas. Examples include applying for a research internship & volunteering at a conference. However, all these ideas sum up in the head and hardly any of them are put into action. Be 20% thinking and 80% action person.
📍𝐍𝐨 𝐫𝐞𝐠𝐮𝐥𝐚𝐫 𝐬𝐜𝐡𝐞𝐝𝐮𝐥𝐞: Several students follow an abrupt way of spending their day. They randomly do things that come their way. A better way is to write down (on your phone) as bullet points the tasks you plan to work on the day. This way you will at least set a daily target for yourself.
📍𝐄𝐚𝐬𝐢𝐥𝐲 𝐝𝐢𝐬𝐭𝐫𝐚𝐜𝐭𝐚𝐛𝐥𝐞: Some people are very easy to be distracted. Anything that pops up will take away their focus. Eventually, they say – okay, I’ll do it tomorrow. Tomorrow never comes, now is the best time to act. Work on yourself and how you can fight against distractions.
📍𝐈𝐭’s 𝐭𝐨𝐨 𝐝𝐢𝐟𝐟𝐢𝐜𝐮𝐥𝐭: Taking the first step is always difficult even scary at times. It’s the place where many people give up. Everything is difficult before you do it, just go for it. Take the first step and you will realize that the rest of the journey is not as difficult as you imagine.
📍𝐑𝐞𝐥𝐲𝐢𝐧𝐠 𝐨𝐧 𝐨𝐭𝐡𝐞𝐫𝐬: Many times you rely on others to do certain things. For example, expect feedback from someone on your resume or cover letter. If it goes beyond a certain limit, it becomes an unnecessary delay. Wait for some time, remind, and even if it’s still not there, go ahead – find another way.
📍𝐀𝐢𝐦𝐢𝐧𝐠 𝐟𝐨𝐫 𝐩𝐞𝐫𝐟𝐞𝐜𝐭𝐢𝐨𝐧: There is no such thing as perfection. Aiming for it might take you nowhere. Give it your 100% and then take the next step. Don’t wait for an eternity to make it perfect.
📍𝐈’𝐥𝐥 𝐝𝐨 𝐢𝐭 𝐨𝐧 𝐰𝐞𝐞𝐤𝐞𝐧𝐝: Perhaps, one of the best reasons to procrastinate. It hardly works because there turns out to be many other things to do on weekend. Furthermore, the thinking ‘it’s the weekend, why should I work?' comes in the middle too. Eventually, it doesn’t happen.
📍𝐈 𝐝𝐨𝐧’𝐭 𝐤𝐧𝐨𝐰 𝐞𝐧𝐨𝐮𝐠𝐡 𝐚𝐛𝐨𝐮𝐭 𝐢𝐭: Offering oneself an excuse that I am not an expert in it also takes people back from acting. It’s not possible to know everything anyway. However, it’s possible to learn what is needed. The Internet is the place where you can almost anything.
📍𝐈 𝐝𝐨𝐧’𝐭 𝐡𝐚𝐯𝐞 𝐞𝐧𝐨𝐮𝐠𝐡 𝐭𝐢𝐦𝐞: All successful and unsuccessful people have the same 24 hours a day. It depends upon how one utilizes the time. Perhaps, it might not be as time-consuming as you might think in the first place. Give it a shot.
40 websites to find opportunities for PhD scholarships/grants/fellowships?
1. findaphd.com
1. rb.gy/n9l6de
2. gradschools.com
3. phdportal.com
4. scholarships.com
5. scholarship-positions.com
6. daad.de
7. studyincanada.ca
8. scholarshipportal.com
9. studyindenmark.dk
10. studyinnorway.no
11. phdstudies.com
12. profellow.com
13. researchgate.net
14. researchcouncils.org.uk
15. fulbright.org
16. euroscholars.eu
17. euraxess.ec.europa.eu
18. chevening.org
19. gatesfoundation.org
20. IIE.org
21. cern.ch
22. nsf.gov
23. nih.gov
24. unesco.org
25. worldscholarshipforum.com
26. educationusa.state.gov
27. findscholarships.com
28. academicpositions.com
29. higheredjobs.com
30. Idealist.org
31. https://lnkd.in/diBS7EeH
32. rhodestrust.ox.ac.uk
33. mariecurie.org
34. asiaresearchnews.com
35. asiaeuropefoundation.org
36. www.csc.edu.cn
37. https://lnkd.in/dV2qhk74
38. https://lnkd.in/drzdpBBP
39. https://lnkd.in/dRSdgneR
40. https://lnkd.in/dfmNPsw5
#карьера
В биоинформатике популярен язык R. Однако, какие-то задачи удобно решать с помощью python. Библиотека Rpy - это мостик между двумя языками. Вы сможете вызывать функции/пакеты R прямо из .py файлов. Подробнее здесь: https://medium.com/analytics-vidhya/rpy2-made-easy-d67a9c8b84c8, https://rpy2.github.io/doc.html
#программирование
У Стэнфордского университета есть подкаст про изучение мозга и психики “From Our Neurons to Yours”, куда приходят ученые Стэнфорда, часто лидеры в своей области. На мой вкус, у подкаста оптимальный уровень сложности. Ведущий хоть и старается пояснять трудное, но откровений вроде “мозг состоит из нейронов” вы там не услышите. Самое то.
Выпусков уже 40+, к каждому есть транскрипт. Отличное погружение в передовые исследования. Гости излагают важные детали, и лучше понимаешь контекст, даже если ранее читал их статьи. Для примера:
💥 “How the brain helps cancers grow” с блестящей Мишель Монже, открывшей тесные взаимодействия нервной системы и опухолей (писал об этом здесь и здесь).
💥 “Unraveling Timothy Syndrome: the new science of human brain development” с Серджиу Пашка, главным в мире подсаживателем органоидов мозга человека в мозги живых крыс. Есть и другой выпуск с ним же.
💥 “Brain-Machine Interfaces” с Джейми Хендерсоном, возглавляющим NPTL в Стэнфорде, где разрабатывают нейроинтерфейсы с рекордным быстродействием (писал об этом здесь).
Там все выпуски весьма содержательны. Рекомендую.
🧬 Если вас интересуют новейшие достижения в области генетики, биотехнологий и молекулярной биологии, рекомендую ознакомиться с ресурсами на канале компании Хеликон. Здесь представлены полезные вебинары и эксклюзивные интервью с ведущими учеными и специалистами отрасли, освещающие актуальные и значимые темы в современной науке.
Вот несколько примеров:
✔️Интервью с Константином Севериновым, в котором обсуждаются вопросы кадрового дефицита и подготовки новых специалистов для генетических исследований в России.
✔️Не менее интересна беседа с Олегом Гусевым, где речь идет о современных биотехнологиях и уникальных способностях животных. Легкий формат передачи делает его доступным и увлекательным для широкой аудитории.
✔️Вебинар "Геномный город будущего", в котором эксперты делятся передовыми профессиональными методиками и обсуждают современные технологии, используемые в геномных лабораториях.
Таким образом, подписка на канал — это отличная возможность быть в курсе последних новостей науки и технологий.
Коллеги, мы узнали о полезном канале «Научные конференции», который посвящен научным конференциям, круглым столам, открытым лекциям и другим мероприятиям для представителей естественных и технических наук.
Присоединяйтесь: @confsci
Структуры данных и алгоритмы в Python: https://nibmehub.com/opac-service/pdf/read/Data%20Structures%20and%20Algorithms%20in%20Python.pdf
#учебник
#программирование
Всегда интересно, каково это — быть востребованным специалистом. Когда зовут работать в различные компании в твоей стране и за рубеж, поступают приглашения в лучшие университеты мира. Мы приготовили реальные истории успешной карьеры.
OpenBio запускает серию бесплатных вебинаров в рамках курса "Машинное обучение в биология и биомедицине". Расскажем о профессиональном пути экспертов, у которых вы сможете учиться на курсе лично.
На вебинарах вы узнаете про реальные примеры карьерных треков и как можно их сократить:
- Как начать заниматься машинным обучением, что нужно знать, чему учиться.
- Как попасть в крутую компанию или найти работу за границей.
Уже 5 сентября в 19:00 по мск пройдет первый вебинар с Артемом Касьяновым. Артем PhD, преподает 13 лет биоинформатику, алгоритмы в области популяционной генетики, транскриптомики, геномики и методах ML. Assistant Researcher в BIOPOLIS, CiBio, Portugal.
Зарегистрироваться на вебинар «Личный путь в сеньора биоинформатика»:
https://clck.ru/3CvfPp
Codon usage database: https://www.kazusa.or.jp/codon/
Rare Codon analysis: https://www.bioline.com/media/calculator/01_11.html
#биоинформатика
🔬🖥 Новосибирский госуниверситет приглашает студентов любых вузов РФ на бесплатную онлайн-программу «Технологии управления свойствами биологических объектов: практическая биоинформатика и молекулярная биология» – в рамках нового сезона «Цифровой кафедры НГУ».
Курс подойдет всем, кто интересуется новыми технологиями в области естественных наук и хочет прокачать профессиональные компетенции в сфере биоинформатики, биотехнологии, молекулярной, синтетической и структурной биологии.
🖱 Нужно прокачать другие цифровые навыки? Помимо биоинформатики, набор ведется еще на 6 программ по самым разным digital-направлениям, среди которых:
✅ Машинное обучение и нейронные сети;
✅ Базовое программирование на языке Python;
✅ Моушн-дизайн (2D и 3D-графика);
✅ Разработка мобильных приложений (единственный курс для IT-профи).
Но выбрать нужно что-то одно!🐱
Важно: это программы НЕ для IT-специалистов – вы получите дополнительную квалификацию по цифровому профилю, помимо своей основной специальности!
Чего ждать от курса❓
🟣 Бесплатное обучение.
🟣 Занятия онлайн по вечерам.
🟣 До 260 часов в курсе.
🟣 Море практики.
🟣 Преподаватели – практикующие эксперты;
🟣 Программа доступна для студентов любых вузов.
🟣 Ограничения: ждем студентов 2-6 курсов бакалавриата/специалитета, а также магистрантов и ординаторов.
А диплом дадут❓
🎓 Слушателям с высшим образованием летом 2025 будет выдан диплом о профессиональной переподготовке, остальным – сертификаты и диплом по окончании бакалавриата/специалитета.
❗️ Прием заявок до 11 ноября 2024, количество мест ограничено!
⌨️ Спешите записаться по ссылке.
‼️ Друзья, приглашаю вас прочитать мою новую статью на Дзене, где я рассказываю о захватывающем мире генной инженерии в сельском хозяйстве! Узнайте, как современные технологии помогают создавать устойчивые культуры, повышать урожайность и защищать растения от болезней и вредителей. Ссылка на статью: читайте здесь.
Подписывайтесь на канал и ставьте лайки 👍
#научпоп
Показали классную штуку – briefer. Это как Notion, но для блокнотов с кодом и дэшей.
Позволяет создавать динамические блокноты, дэшборды и интерактивные приложения при помощи Markdown, Python и SQL. Конечное же, есть AI для помощи с геренацией кода.
9 tools to help you in your literature review.
A solid literature review takes at least 2-3 months. Using tools, you can reduce this time by 50%.
1. Litmaps:
➝ Helps find relevant papers from just a single paper.
➝ Categorizes papers efficiently.
➝ Works seamlessly with reference managers like Zotero.
➝ Visualizes relationships between papers.
➝ Allows sharing papers via reference manager.
➝ Provides alerts for new papers relevant to your literature review.
2. Consensus:
➝ Uses AI to generate consensus-based answers for collaborative learning environments.
3. Google Scholar:
➝ The biggest database for research papers.
➝ Find papers by keyword.
4. SciSpace:
➝ Identify papers for your literature review.
➝ Sort papers by citation count, date, and relevance.
➝ Get summary of insights from the top 5 papers.
➝ Extract summaries of section (e.g., results) from the papers.
➝ Compare papers side by side.
➝ Correlate papers to identify gaps
➝ Talk to a research paper to understand complex parts of the paper
5. SciSummary:
➝ SciSummary is an article summarizer built for research.
➝ Use AI to summarize scientific articles and research papers in seconds
6. Obsidian:
➝ Link related concepts and notes with ease, creating a web of ideas that mirrors the interconnectedness of your thesis.
7. draw.io:
➝ This is a free tool that you can use for drawing figures for your thesis.
8. Google Docs:
➝ Best tool for academic writing
9. Paperpal:
➝ It assesses the quality of writing as per the scientific writing standards.
➝ Paperpal detects basic writing errors with 100% accuracy.
➝ Paperpal offers real-time suggestions for writing.
➝ If English is not your first language, you can write in your native language and then Paperpal can accurately translate it to English.
Small and Large Scale MBP-fusion Protein Purification - хороший протокол и Troubleshooting part: https://wolfson.huji.ac.il/purification/tagproteinpurif/MBP_Tag_nature.html#COLUMN_BUFFER
#протокол
#мокрая_биология
SQL для биоинформатиков
📍Нужно ли его изучать? Ответ найдете здесь: sunailahmad42/the-vital-role-of-sql-in-bioinformatics-enhancing-data-management-and-analysis-0a8191899308" rel="nofollow">https://medium.com/@sunailahmad42/the-vital-role-of-sql-in-bioinformatics-enhancing-data-management-and-analysis-0a8191899308
📍Отличный курс на Stepik по введению в SQL: https://stepik.org/course/63054/info
#программирование
Если вы учёный или исследователь, работающий в университете или НИИ, то наверняка уже задумывались о дальнейших перспективах собственных разработок и возможности трансфера технологий с последующей коммерциализацией результатов.
📍Как найти заинтересованного в уже воплощенному в жизнь продукту вашей идеи?
📍Как грамотно, самостоятельно и безопасно вывести важную разработку на следующий уровень?
📍Как оценить и принять к учёту вашу разработку, когда необходимо начислить НДС?
В этом вам готовы помочь эксперты – люди, когда-то также находившиеся в подобном положении. Их проекты уже реализованы, а опыт и компетенции, накопленные годами, теперь представлены вам в полном объеме.
Данный курс обучает управлению интеллектуальной собственностью и предоставляет инструменты для успешной коммерциализации, что позволяет превращать исследовательские проекты в коммерчески успешные продукты, как в России, так и за рубежом.
Детальнее о предложении можно узнать ЗДЕСЬ.
Друзья, я запускаю научно-популярный канал по молекулярной биологии на Дзене: https://dzen.ru/id/66f7133bab9fe71959a927d0?share_to=link Подписывайтесь, ставьте лайки. В комментариях можете написать, какие темы вам были бы интересны. Первая статья посвящена основам синтетической теории эволюции.
Читать полностью…Нобелевскую премию по физиологии и медицине дали за открытие microRNAs: https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2024/press-release/
Читать полностью…Приглашаем всех, кто интересуется темой карьеры в биоинформатике на бесплатный вебинар «Личный путь в сеньора биоинформатика» от проекта OpenBio!
Когда: Онлайн, 27 сентября в 19:00 по Москве.
Спикер: Артем Васильев, разработчик-исследователь в компании «Платформа Третье Мнение», преподаватель, науч. консультант и разработчик учебных материалов курса по нейросетям и их применению в научных исследованиях в МГУ.
О чем: На встрече Артем поделится своим опытом развития в сфере ML, деталями карьерного трека, а также лайфхаками по трудоустройству. Вебинар пройдет в формате дружеского разговора, где вы сможете задать интересующие вас вопросы.
Трансляции проходят в рамках курса «Машинное обучение в биологии и биомедицине» от проекта OpenBio, который стартует 1 октября.
Регистрация, а также форма для вопросов спикеру находится по ссылке.
Ждем вас в эфире!
III Международная конференция «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов»
📆 23-24 ноября 2024
🚏 Сколковский Институт Науки и Технологий (Москва, Территория Инновационного Центра “Сколково”, Большой бульвар д. 30, стр. 1)
🗣 Рабочий язык – русский, английский.
Организационный комитет конференции "Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов" с радостью сообщает, что срок подачи тезисов и регистрации участников продлен до 22 сентября.
Для участия необходимо зарегистрироваться на сайте конференции и прикрепить тезисы. В случае участия в качестве слушателя необходимо при регистрации указать "участие в качестве слушателя" вместо названия тезисов. Участие в конференции бесплатно.
К участию приглашаются студенты, аспиранты, ученые, специализирующиеся в области геномики, метагеномики и молекулярной биологии микроорганизмов.
Программа конференции будет включать пленарные лекции ведущих ученых, устную и постерную сессии, возможности для общения (кофе-брейки, социальная программа), призы и конкурсы от партнёров конференции.
Подробная информация и форма регистрации на сайте конференции.
Введение в алгоритмы: https://dl.ebooksworld.ir/books/Introduction.to.Algorithms.4th.Leiserson.Stein.Rivest.Cormen.MIT.Press.9780262046305.EBooksWorld.ir.pdf
#программирование
#учебник
⭐️ ⚡ Неделя до старта одного из самых сильных по программе, ярких, комфортных мероприятий осени.
В Центре Событий - Клиническая диагностика и персонализированная медицина.
🖇️ ПРОГРАММА
Мы приглашаем специалистов различных специальностей посетить мероприятие, целью которого является объединение опыта и компетенций для развития мультидисциплинарного подхода к диагностике и терапии.
📍На конференции будут представлены доклады о новейших исследованиях, клинических случаях и разработках в тематических секциях:
- прецизионная медицина
- генетика
- новейшие способы диагностики и терапии
- приборостроение
- биотехнология
- молекулярная биология
- биофизика
- биохимия
В работе площадки конференции примут участие учёные мирового уровня, представители федеральных министерств, ведущие профильные российские эксперты из центров развития инноваций.
Организационным комитетом подготовлено всё для вашего комфортного пребывания в "Центре Событий" РБК!
🖇️ РЕГИСТРАЦИЯ на мероприятие
🎉 Канал участников конференции
Приходите, мы ждём вас 💫
🔬📊 Добро пожаловать на (sci)Berloga Jobs! 📊🔬
Если вы стремитесь к вершинам в области Биоинформатики, Биологии, Машинного обучения, молодой учёный, аспирант или просто мечтаете о карьере за рубежом, наш канал именно для вас! 🌍✨
(sci)Berloga Jobs предлагает вам уникальные возможности для профессионального роста и развития. Мы собираем самые интересные вакансии, PhD, postdocs в ведущих университетах и ИТ-компаниях в РФ, Европе и США.
Наше комьюнити — это пространство, где каждый может найти свою идеальную работу или нанять талантливого специалиста. Хотите испытать свои силы в крупнейших проектах или найти работу своей мечты в сфере Биоинформатики, Биологии, Машинного обучения? У нас вы найдёте вакансии, которые помогут вам сделать следующий шаг в карьере.
Разместите своё резюме и станьте частью нашего сообщества! 🎓📈 Давайте вместе строить будущее в наиболее перспективных областях и открывать новые горизонты. Присоединяйтесь к (sci)Berloga Jobs и найдите свою уникальную возможность уже сегодня!
Подписывайтесь на @sberlogajobs2 !
#DataScience #Биоинформатика #Вакансии #ИТ #КарьерныйРост #sciBerlogaJobs